Происходил и культурный синтез. Неформальным влиянием на тимуридов пользовался суфийский орден (тарикат) Накшбанди с центром в Бухаре. В Герате соученик Байкары по медресе поэт Алишер Навои, став визирем, способствовал превращению Герата в столицу «тимуридского ренессанса», привлекая лучших поэтов, художников, каллиграфов и архитекторов. В поэмах, составленных не только на фарси, но и на чагатайском языке, Навои выражал суфийские идеи, пытаясь обосновать достоинство тюркского языка как языка культуры.
Как бы далеко ни зашло развитие исламской культуры, тимуриды оставались верны тюркской политической концепции. Страна считалась коллективной собственностью ханского рода, и каждая смена власти сопровождалась междоусобицами. Такие войны в начале XVI в. привели к тому, что Мавераннахр был завоеван кочевниками-узбеками Шейбани-хана. Попытки молодого хана Ферганы, Бабура, отвоевать Самарканд не увенчались успехом, и он вынужден был покинуть родные места. В 1506 г. после смерти Хуссейна Байкары узбеки завоевали и Герат.
Было ли это проявлением «закона Ибн Халдуна», согласно которому варвары-завоеватели, бедные, но обладающие асабией (воинской сплоченностью и способностью жертвовать собой ради общей цели), завоевав богатую страну, привыкнув к роскоши, теряют боевые качества, заботясь лишь о своем благе, притесняя народ, пока не приходят новые варвары-завоеватели? «Почти сто сорок лет столичный город Самарканд принадлежал нашему дому, неизвестно откуда взявшийся чужак и враг пришел и захватил его!» — сокрушался Бабур, подтверждая, казалось бы, теорию Ибн Халдуна. Но чингизид Шейбани-хан, поэт мистического толка, утонченный книжник, не был неизвестным чужаком. В Мавераннахре он сразу приступил к строительству новых медресе, а его двор стал прибежищем суннитских ученых, бежавших из Ирана, захваченного шиитами. Защита суннизма стала прочной базой нового государства. И когда Бабур, получив помощь сефевидов, попытался отвоевать страну, против него поднялся народ, не желавший попасть под власть «еретиков». А сам Бабур, воспитанный в придворной роскоши, не походил на изнеженного аристократа. С горсткой воинов он сумел завоевать Афганистан и Северную Индию. Обращаясь к историческому опыту тимуридов, он заложил основы невиданного ранее государства, прекрасно организованного, с высоким уровнем веротерпимости, поощрявшего искусство, реагирующего на вызовы товарно-денежных отношений. В этом смысле опыт тимуридов не пропал даром.
