Нумерация частям в СССР присваивалась довольно бестолково, что периодически приводило к накладкам и путанице. Так, 30 августа 1955 г. на основании директивы Главного штаба ВМФ № ОМУ/4/53280 на аэродроме Гвардейское было сформировано управление 88-й тяжелой бомбардировочной авиационной дивизии специального назначения. Это было уже второе авиационное соединение в составе ВВС ЧФ с этим номером.
В состав дивизии вошли 124-й ТБАП (переформированный из 27-й учебно-тренировочной части), 5-й гв. МТАП (переименованный тогда же в 5-й гв. ТБАП специального назначения), 32-й отдельный отряд управления, 33-й отдельный истребительный авиаотряд специального назначения.
30 октября 1957 г. в соответствии с директивой главкома ВМФ № ОМУ/4/30335 от 3 октября 1957 г. 88-я ТБАД специального назначения была переименована в 88-ю минно-торпедную авиадивизию дальнего действия. В состав дивизии в это время входили 124-й МТАП, 5-й гв. МТАП, 943-й МТАП и 153-я ОИАЭ специального назначения.
В декабре 1957 г. экипаж заместителя командира 88-й МТАД подполковника М.Г. Дервоеда выполнил на Каспийском полигоне первый практический пуск ракеты КС с самолета Ту-16 по танкеру-мишени «Чкалов».
В соответствии с директивой главкома ВМФ № ОМУ/1/9536 от 28 февраля 1961 г. управление 88-й МТАД дальнего действия было расформировано. Фактически расформирование дивизии завершилось к концу года. Полки, входившие в ее состав, стали отдельными морскими ракетоносными.
В 1959–1961 гг. в состав отряда управления 88- МТАД ДД входил самолет Ту-4кс.
В 1961–1962 гг. СССР поставил 25 самолетов Ту-16кс для ВМС Индонезии. В качестве инструкторов использовались экипажи частей Морской ракетоносной авиации ВВС ЧФ.
«Ракетоносная авиация в годы “холодной войны” получила возможность решать задачи как в Черном, так и в Средиземном морях. Ее возможности позволили самостоятельно и во взаимодействии с Дальней авиацией вести боевые действия по уничтожению авианосцев в восточной части Средиземного моря, а с использованием оперативных аэродромов на территории Венгрии и Болгарии — в центральной и даже в западной части Средиземного моря. В Черном море она могла наносить ракетные удары по кораблям и группировкам кораблей, по конвоям и одиночным судам как в море, так и в пунктах базирования из районов северной части моря, не входя в зону ПВО вероятного противника. Дивизия ракетоносной авиации была способна выпустить одновременно до 90 ракет в Черном море и до 60 ракет в Средиземном море. Ракетоносная авиация являлась одним из составных компонентов в ходе завоевания господства в Черном море и блокаде Проливной зоны»
