Уже с марта 1918 года в борьбу пришлось вступить морякам Благовещенского отряда, а с апреля и всей Амурской флотилии с высадившимися на Дальнем Востоке интервентами и белогвардейцами. Осенью, в связи с оккупацией Дальнего Востока, часть кораблей флотилии была захвачена японцами, а другая часть затоплена своими командами.
С июля 1918 года начались открытые боевые действия и на Севере. К этому времени почти все боевые корабли Северной флотилии оказались в руках белогвардейцев и интервентов. Революционно настроенным морякам удалось вывести из Архангельска только небольшую часть речных пароходов, катеров и буксиров, ставших ядром Северодвинской флотилии, которая вместе с частями Красной Армии сорвала попытки противника продвинуться вверх по Северной Двине.
Летом и осенью тяжелые бои шли на востоке и юге страны, где поддержку войскам Красной Армии оказывали корабли военных флотилий. На Волге и ее притоках были созданы четыре речные флотилии, подчинявшиеся командованию сухопутных армий или непосредственно фронту. Флот Астраханского края действовал в дельте Волги и северной части Каспийского моря, Каспийская флотилия — в районах Баку и Закавказья, Вольская — в районах Вольска, Сызрани и Самары, Волжская — в районах Казани и на реке Каме.
Корабли Астрахано-Каспийской военной флотилии (так с 13 октября 1918 года стал называться Флот Астраханского края) вели разведку в интересах сухопутных войск Красной Армии, обстреливали своей артиллерией вражеские части, находившиеся в прибрежных районах. К началу ноября 1918 года в составе флотилии находилось около 50 судов, 6 гидроаэропланов и 4 истребителя. Для более успешных действий она была разделена на три речных отряда.
Волжская военная флотилия (3 миноносца, 9 вооруженных пароходов, 2 плавучие батареи, 4 катера и 4 самолета) активно поддерживала действия сухопутных частей Восточного фронта при обороне и взятии Казани, в Ижевско-Воткинской операции. В конце года корабли флотилии ушли на зимовку в Нижний Новгород.
В ноябре 1918 года, после капитуляции Германии перед Антантой и ухода их войск с территории Советской Республики, англо-французские корабли высадили свои десанты в Новороссийске, Севастополе, Одессе, Баку и Батуми. В Финском заливе появилась английская эскадра, угрожавшая Петрограду с моря. Одновременно активные боевые действия продолжали вести войска генералов Колчака и Деникина.
Но и окрепшая к этому времени Красная Армия в конце 1918— начале 1919 года провела несколько успешных наступательных операций на всех фронтах, в результате которых были освобождены Левобережная Украина, Донская область, Южный Урал. Войска интервентов были вынуждены эвакуироваться из Одессы, Херсона, Николаева.
