Полеты на патрулирование и сопровождение (на жаргоне летчиков "прикрышку") в 1988 году составляли 15% всего объема работы, 4% занимала разведка, в основном же истребители продолжали раскручивать "карусель" БШУ, на которые приходилось 80% вылетов. К этому времени удары наносились почти исключительно бомбами (типовой нагрузкой МиГ-23 была пара бомб калибра 250 или 500 кг) с высот не ниже 5000 м. Эти меры оказались достаточно эффективными: 120-й ИАП, которому довелось "закрывать" афганскую кампанию, не имел ни одной боевой потери, хотя из-за ошибок летчиков и отказов техники были разбиты три самолета. Последним истребителем, принесенным в жертву афганской войне, стал МиГ-23МЛД капитана С. Лубенцова. 11 января 1989 года при возвращении в Шинданд на его самолете заглох двигатель, летчику пришлось катапультироваться над пустыней и провести несколько часов, сжимая в руке пистолет (как он вспоминал, "в ожидании новогодних подарков"), пока его не подобрал посланный на поиски вертолет. К счастью, места оказались безлюдными.
С выводом войск 40-й армии из Кандагара авиационная группировка была стянута к северу. Истребители к августу 1988 года сосредоточили в Баграме, а их присутствие в Шинданде свели к одному звену из четырех самолетов, задачей которого была ПВО аэродрома и прикрытие штурмовиков при БШУ. В Баграме, первоначально рассчитанном на два авиаполка, осенью 1988 года находились четыре советских полка (в общей сложности более 150 машин), а также МиГ-21, Су-22 и вертолеты афганских ВВС. К концу года для прикрытия уходивших войск к ним присоединились и штурмовики из Шинданда. Война близилась к концу, и в дело шли все подряд боеприпасы, скопившиеся на складах. Под новый 1989 год истребители несколько дней подряд работали даже САБ и ДАБ, с которых снимали парашюты и использовали в качестве зажигательных бомб. Участившиеся осенью и зимой обстрелы моджахедов, уничтожившие на земле 10 самолетов и 4 вертолета, почти не задевали истребителей. И все же за три осенних месяца в полку три МиГа задели осколки при минометном обстреле, крыло садившегося самолета прошила автоматная очередь, а фонарь кабины выруливавшего на старт истребителя пуля снайпера пробила перед самым лицом летчика.
Опасность поджидала авиаторов на пути домой. В суматохе "планового вывода" уже в новогодние дни из Баграма ушли мотострелки. Аэродром остался почти без охраны, и удачей было то, что противник не решался штурмовать авиабазу в надежде и без того получить ее едва ли не на следующий день после ухода "шурави". Хозяин близлежащих Панджшера и Чарикара Масуд писал генералу Б. Громову: "Мы терпим ваше присутствие вот уже 10 лет и, даст Аллах, потерпим еще несколько дней".
