Инциденты, начавшиеся на границе с Пакистаном, прибавили работы истребителям. Исламабад уже не ограничивался обучением и снабжением афганской оппозиции, а пакистанская армия сама начала втягиваться в войну, оказывая моджахедам поддержку, прежде всего в борьбе с авиацией - самым грозным противником.
Не ограничиваясь охраной воздушного пространства, пакистанские летчики со своей стороны атаковали ракетами появлявшиеся вблизи границы советские и афганские самолеты (досягаемости "Сайдвиндеров" для этого хватало). Зная, что советские летчики связаны приказом не входить в десятикилометровую приграничную зону и не пускать ракеты в сторону границы, избегая "провокаций", пакистанцы чувствовали свою безнаказанность и все чаще стали залетать на территорию Афганистана. И тут уже они не могли не встретиться с МиГами.
Для прикрытия ударных групп выделялась пара или звено МиГ-23МЛД, патрулировавшие воздушное пространство в районе налета. Их вооружение составляли две ракеты средней дальности Р-24Р/Т и 2-4 ракеты ближнего боя Р-60. Для увеличения продолжительности полета под фюзеляж подвешивали дополнительный бак емкостью 800 литров. При нанесении массированных ударов, проводившихся силами нескольких полков с аэродромов ТуркВО (их приходилось встречать у границы и сопровождать к месту атаки), МиГ-23 несли еще два бака под крылом.
Поиск противника истребители вели самостоятельно с помощью бортового радиолокационного прицела "Сапфир-23МЛ" с дальностью обнаружения целей 70 км и теплопеленгатора ТП-23М. Обходиться без традиционного для ИА наведения с земли заставляло отсутствие в ДРА единой сети РЛС и пунктов управления, контролирующих воздушное пространство, а окруженные горами аэродромные РЛС имели небольшой радиус действия. Авиацию, работавшую в северных провинциях ДРА, прикрывали МиГ-21бис и МиГ-23 из Кокаиды и Мары. В 1988 году эпизодически сопровождение осуществляли МиГ-29, осваивавшиеся летчиками САВО (иногда "по старой памяти" на новых МиГах проводили учебное бомбометание по знакомым целям "за речкой").
Истребители охраняли также вертолетные десанты и вели патрулирование границ. Кроме того, на каждом аэродроме выделялось вооруженное ракетами дежурное звено МиГ-23МЛД. Его летчики не оставались без работы - они поднимались в воздух для усиления истребительного прикрытия при появлении у границы пакистанских самолетов и были "на подхвате" при разного рода внеплановых ситуациях. Во время визита Э. Шеварднадзе в Кабул в январе 1989 года в небе над городом кружили дежурные МиГи из Баграма, а для защиты министерского Ту-154 от "Стингеров" от самой границы "тропили дорогу" САБами. Прикрывая перелет, истребители в эту ночь сделали 12 вылетов, а больше всех потрудился В. Магдалюк, приземлявшийся только затем, чтобы сменить самолет на заправленный и снаряженный.
