В других случаях суды выносят решения не в пользу призывников, а в пользу призывных комиссий, руководствуясь не положениями Конституции, а традиционными представлениями об обязательности службы в армии для каждого "настоящего мужчины", но прежде всего ссылаясь на отсутствие соответствующего федерального закона.
В России на сегодняшний день нет единообразной судебной практики по делам, связанным с требованиями о предоставлении альтернативной гражданской службы. К сожалению, Верховный суд РФ не пытается каким-либо образом систематизировать судебную практику и издать руководящие разъяснения по данной категории судебных дел, что, несомненно, значительно бы облегчило отстаивание своего права на АГС. Более того, имеются случаи, когда Верховный суд РФ отказывал в удовлетворении жалоб призывников, ссылаясь на то, что ч. 3 ст. 59 Конституции РФ не имеет прямого действия, поскольку для реализации этого конституционного права необходима дополнительная регламентация, а соответствующего федерального закона нет. Поскольку вопрос с альтернативной гражданской службой в современной России является довольно сложным, в том числе и с юридической точки зрения, судьи поразному решают дела этой категории. Это можно отнести и к судьям Верховного суда РФ, не говоря уже о судьях районных судов. Поэтому во многом успех дела будет зависеть от конкретного судьи, который будет рассматривать жалобу отказника, его личной позиции по делу.
В некоторых случаях суды мотивируют свое отрицательное решение тем, что призывник якобы "не сумел должным образом доказать" свои убеждения, препятствующие ему проходить военную службу. Суды отказываются удовлетворять жалобы призывников, мотивируя это либо отсутствием закона, либо тем, что призывник не смог доказать наличие убеждений, которым противоречила бы служба в армии.
Согласно ст. 28 Федерального Закона "О воинской обязанности и военной службе" в редакции, принятой Госдумой 6 марта 1998 года в случае обжалования решения призывной комиссии в суд, его выполнение приостанавливается до момента вступления судебного решения в законную силу. В некоторых случаях, однако военные комиссариаты действуют неправовыми, противозаконными методами: при помощи милиции они угрозами и силой доставляют в казармы призывников, ждущих судебного решения по своей жалобе. Почти в каждом случае призывник, отказывающийся от службы в армии по убеждениям, проходит через сильный психологический пресс, специально организуемый военкоматами.
