Спрос на услуги «великомученика» быстро возрастал. К святому обратился Лесли и попросил, учитывая, что Герли разрешили свидания с посетителями, послужить связным между епископом и Байи. Из писем, которые Герли носил от Лесли к Байи и от Байи к Лесли, снимались точные копии в канцелярии лорда Берли. Эти письма были зашифрованными, и ключ разгадать не удавалось. К тому же святой при очередной встрече с Байи не совсем ловко сыграл свою роль и проговорился. Байи понял, что перед ним правительственный шпион.
Тогда министр приказал привезти Байи к себе и потребовал от него расшифровать свою корреспонденцию с Лесли. Фламандец уверял, что потерял ключ к шифру. Тогда Берли приказал перевезти пленника в Тауэр, чтобы надежно изолировать его от других заговорщиков, и там подвергнуть пытке.
На протяжении апреля и мая 1571 г. Байи подвергали допросу. Дон Герау, следивший за событиями, деловито сообщал, что «Байи более напугали, чем нанесли ему телесные повреждения». Лесли не разделял хладнокровного спокойствия испанца: тому в самом худшем случае угрожала высылка на родину, а для епископа с его сомнительным титулом «посла» арестованной Марии Стюарт вырисовывалась перспектива самому познакомиться с прелестями Тауэра. Поэтому не удивительно, что он всячески старался укрепить дух Байи, посылая ему постельные принадлежности, вкусную пищу и напоминания о том, как вели себя в языческих темницах христианские святые, прославившие церковь.
По-видимому, трюк со «святым» Герли оказался настолько удачным, что Сесиль решил попробовать еще раз. А чтобы преодолеть естественное недоверие Байи, решили обратиться к услугам святого, репутация которого стояла вне всяких подозрений. В Тауэре в это время был заключен доктор богословия Джон Стори. Католический фанатик, призывавший к убийству Елизаветы, после ее восшествия на престол он бежал во Фландрию и стал испанским подданным, продолжая там плести сети заговоров против английского правительства. Герцог Альба поручил Стори богоугодное дело – обыскивание кораблей в Антверпене и конфискацию протестантских книг, которые пытались контрабандой провести во владение испанского короля.
Однажды, когда доктор богословия явился на один из кораблей, команда неожиданно подняла якорь и на всех парусах направилась в английский порт. Это было судно, специально посланное для того, чтобы изловить Стори и доставить его в Англию. Суд приговорил его к смерти. Но Елизавета в эти годы еще играла в милосердие и отказывалась подписывать смертные приговоры за политические преступления (несмотря на то, что тысячи участников восстания на Севере были казнены без суда).
