Морское министерство заранее предупредило фирму Лэка о плохом качестве построечных работ и об отказе принимать лодки в казну при наличии многочисленных и серьезных дефектов. Тогда С. Лэк принял решение не сдавать лодки русскому флоту, отбуксировать их в Швецию и там искать на них покупателей. Но к этому времени фирма Лэка уже получила от Морского министерства ряд платежей на общую сумму 3 млн. руб. Учитывая это обстоятельство, Морское министерство было вынуждено принять 9 октября 1909 г. решение об отстранении фирмы Лэка от достройки этих лодок. Продолжение достройки и проведение приемосдаточных испытаний возложили на личный состав и командиров подводных лодок. Оставшуюся сумму денег, выделенных первоначально на постройку, перечислили в распоряжение начальника бригады подводных лодок Балтийского флота, которая базировалась в Ревеле. Одновременно была создана специальная комиссия из четырех опытных офицеров МТК, которая получила право производить любые переделки и изменения для исправления дефектов и улучшения качества лодок. Это решение было крайне непродуманным и технически необоснованным. Достройку следовало бы передать одному из казенных заводах Министерства и учредить наблюдение за достройкой со стороны МТК.
Между тем, 30 октября 1909 г. на «Каймане» продолжили приемо-сдаточные испытания, и она вместе с только что начавшим испытания «Аллигатором» направилась в район о. Бьерке (ныне Березовый в Выборгском заливе). В сложившейся ситуации было совершенно не понятно, кто и кому сдает корабли в процессе испытаний, поскольку командиры подводных лодок и руководили достройкой своих лодок, и одновременно принимали их в казну по результатам испытаний. Во время испытаний на подводной лодке «Аллигатор» вышел из строя бензомотор (200 л.с.) экономического хода правого борта. При выяснении причин оказалось, что коленчатый вал двигателя скручен на 24° из-за недопустимо низкого качества стали. Замена вала и особенно его доставка от фирмы-изготовителя требовали весьма много времени, поэтому испытания «Аллигатора» были прерваны на неопределенное время.
20 ноября 1909 г. между фирмой Лэка и Морским министерством было достигнуто обоюдное соглашение, что первые три лодки («Кайман», «Крокодил», «Аллигатор») принимаются в казну для достройки фактически за счет фирмы, т.е. за счет невыплаты ей последнего платежа, под наблюдением их командиров. Другими словами, Лэку пришлось принять условия Морского министерства, о которых говорилось выше.
