На протяжении веков основная сила Византии была сосредоточена в Малой Азии, находившейся под значительным влиянием эллинизма. Сирия оставалась семитской, Египет — хамитским. Сирийское христианство считалось раскольническим, если не откровенно еретическим, равно как и христианская церковь в Египте. А вот христиане Малой Азии придерживались ортодоксального вероучения. По языку богослужения и ритуалам сирийская церковь резко отличалась от византийской — сирийские христиане пользовались арамейским языком. Считается, что их литургия восходит к святому Иакову, родному или двоюродному брату Христа, но, даже если это и не так, она, вне всякого сомнения, древнее греческой и латинской. В сирийском христианстве лежат корни несторианства и монофизитства, двух великих ересей восточной церкви. Оба этих учения служили идейной основой для сепаратистских движений.
Несториане считали, что в Христе Божественная (Логос) и человеческая сущности соединились в идеальной гармонии его поступков, но не в целостности индивидуальной личности. Автор этой доктрины, Нестор, родился в Киликии и с 428 по 431 г. был константинопольским патриархом, однако участники Эфесского собора осудили его взгляды. Сторонники монофизитства (в переводе с греческого — «одна природа») считали, что Божественное и человеческое в Христе составляли единое целое. Египетская христология во многом напоминала сирийскую. В IV в. в Египте получило распространение арианство, а в V в. египтяне приняли доктрину монофизитов, объявленную еретической на Халкидонском соборе в 451 г. Во время этого собора подверглось осуждению несторианство, а также была сформулирована доктрина двух идеальных и неотделимых, однако раздельных природ Христа. Этот тезис до сих пор принят католиками, православными и протестантами в качестве ортодоксального. В Египте и Сирии враждебность по отношению к центральной константинопольской власти не могла не вылиться в религиозный сепаратизм.
Напряженность в отношениях между Византией и ее сирийской и египетской провинциями объясняется не только теологическими расхождениями, но и политическими и экономическими причинами. Византийские императоры были большими автократами, налагали куда более тяжелые налоги и в целом были куда более нетерпимы к сторонникам иных религиозных взглядов, нежели их римские предшественники. Хотя говорившие по-арамейски сирийские купцы по-прежнему держали в своих руках торговлю в Восточном Средиземноморье, а египетские крестьяне продолжали снабжать империю пшеницей, налоги были столь высоки, что не могли не вызывать недовольства у тех и других. Кроме того, географическое положение Сирии, находившейся на пути персидской армии, которая регулярно вторгалась в пределы Византийской империи, было источником дополнительной экономической напряженности и политической нестабильности в этой провинции. Египет лишь однажды, в 616—618 гг., стал жертвой вторжения персов, которые затем хозяйничали здесь на протяжении десяти лет, зато постоянно страдал от эпидемий. Можно предположить, что по сравнению с суровыми византийскими порядками власть персов показалась египтянам более предпочтительной.
