Поначалу процесс шел мучительно медленно, а положение новой религии было довольно шатким. В течение I в. н. э. христианство мало чем отличалось от других ближневосточных сект, которые в то время множились как грибы после дождя. Другие верования оно начало теснить лишь во II в. Последователи многобожия были в силу особенностей своих религиозных представлений довольно терпимы к чужим богам и потому не проявляли враждебности по отношению к новому культу и его адептам. В отличие от них уверовавшие в одного истинного бога были совсем иными. Они демонстративно не желали принимать участие в многочисленных религиозных праздниках, приносить жертвы другим богам и склонять головы перед божественным цезарем. Охваченные миссионерским рвением, они горели желанием обратить в свою веру весь мир. Политика сосуществования религиозных учений была не для них. Любой, кто был не с ними, был против них. Столкновение с официальной религией было неизбежно.
Преследование христиан при Нероне, которое началось в 64 г., не имело под собой религиозных мотивов. Из христиан сделали козлов отпущения, взвалив на них вину за случайный пожар, который уничтожил всю центральную часть Рима. Павел, умерший в Риме в 67 г., наверное, также стал жертвой указа Нерона. Куда более серьезные последствия имел эдикт Траяна, изданный в 122 г. Согласно этому указу, христиане, отказывавшиеся воздавать почести государственным богам, объявлялись изменниками и предателями империи. Этот приказ развязывал руки наместникам провинций, которые тотчас ухватились за него для сведения счетов со своими подданными-христианами. Валериан (257 г.) пошел еще дальше, запретив любые собрания христиан. Список мучеников, «чья кровь стала семенем церкви», заметно увеличился при Диоклетиане в 303 г. Под давлением со стороны языческих жрецов, отлично понимая, какую опасность несет в себе христианство для других религий империи, этот император, чья жена и дочь, возможно, тоже исповедовали христианство, издал жестокий эдикт, предписывавший сожжение христианских церквей и книг, а также лишение гражданских и военных постов любых приверженцев этой религии. Правительственные чиновники также наверняка чувствовали угрозу со стороны христиан и оказывали давление на императора. В течение десяти лет продолжались жестокие преследования христиан на Ближнем Востоке. Репрессии докатились до самых удаленных уголков империи, где наместники в очередной раз воспользовались императорским указом в своекорыстных целях. Были изобретены новые пытки. По свидетельствам историков церкви, в Северной Сирии мужчин пытали раскаленным железом. Женщины же, чтобы не подвергнуться насилию, часто были вынуждены идти на самоубийство. Палестинских мучеников бросали на растерзание диким животным. В Аравии христиан рубили топором. Один малоазийский епископ по имени Николай был замучен до смерти. Впоследствии он был причислен к лику святых и превратился в Санта-Клауса. Обычай дарить подарки в день его подвига позднее был перенесен на Рождество. Согласно легенде, он берет свое начало в добрых делах епископа Мир Ликийских — святой Николай якобы тайком дал приданое трем дочерям одного бедного прихожанина, который, будучи не в силах вынести своего позора, собирался наложить на себя руки. В Риме соорудили специальную триумфальную колонну, на которой борцы с «христианским суеверием» похвалялись своими подвигами.
