Вытекающий из пантеизма отход от трактовки бога как личности закономерно превращается в критику его антропоморфистского понимания.
Во многих произведениях он критикует «антропоморфистов, которые буесловили о бозе, будто он имеет подобные телесному составу нашему уды и члены» (21, 72). «Глупо разсуждают тии, — говорит Феофан, — которые помышляют, будто бог есть составу человеческому подобен и будто имеет и голову, и бороду, и руки, и ноги, и другие телесные члены» (48, 4). Но это «глупое рассуждение» содержится и в Библии, ведь и «в писании упоминаются и очи, и уши, и руки божие и прочия части нашим подобныя». Прокопович не выражает своего прямого несогласия с Библией, дающей антропоморфное изображение бога, но говорит, что духовное здесь изображается как телесное, т. е. аллегорически, для того чтобы его хотя бы приближенно мог понять грубый и невежественный читатель. Более определенно он высказывается, когда речь идет о верованиях древних народов. Своих богов «сами Еллины повымышляли, не токмо из человек неких славных, но и из мест, из стихий, из свойств естественных, из добродетелей и злонравий и разных страстей человеческих» (12, 371).
Интересно, что во многих своих произведениях философ отмечает переход: сначала обожествляются стихии природы, затем — отдельные конкретные люди и, наконец, — абстрактные моральные качества, способности, силы человека. Уже говоря о первом, Феофан отмечает, что это «глупое человеческое вымышление. Явно то потому, что философы, стыдяся просто, как народ простой верил о богах верить, толковали в именах богов различных стихий силы, именем, например, Дия или Йовиша — воздух, именем Нептуна — воду, Цереры и Вакха именем силу земли плодородную. За что ис философов Сократ и Аристотель донесены были на суд яко безбожницы и Сократ Ареопагитским судом смерти за то предан» (36, 128 об.). Прокопович проводит аналогию между обожествлением природных стихий в античности и современными ему суевериями и верой в чудеса. Он раскрывает роль обычая, традиции, отсутствия проверки и исследования в закреплении этих верований. Суевер так же, как и язычник, «что ни видит в мире славимое и что ни слышит от прочих сказуемое, да еще от древних лет преданное, якобы к помощи или вреду действительное, то и приемлет себе без сумнения, хотя ни малого о том в уме своем основания не имеет… Подобно и древнии язычники, каких богов и богинь по рождении своем в мире застали, всех тех и почитали. Кто бы ныне мог поверить, что в быках, кошках, в рыбах, еще же и в травах, в капусте, в луке, в чесноке божество есть? А древнии египтяны все то крепко верили. Кого бы ныне мощно привести к вероятию, что и Лихорадка богиня, богиня Зима, богиня по травах ржавщина, богиня Туч и проч. А древних римлян все то богини были и имели себе великие посвящаемый храмы и определенные праздники, в том числе и Рома, то есть город Рим богиня им была» (34, 127 л.). Уже здесь намечается им противопоставление не идола истинному богу, но суеверия, неведения знанию.
