Выдвигая мысль о человеческом происхождении веры в бога, Прокопович не считает, что знание о боге естественным образом вложено во всех и поэтому очевидно само собой. Подобно другим мыслителям XVII и начала XVIII в., Бэкону, Декарту, Спинозе, Локку, Лейбницу, а впоследствии и Канту, он полагает, что бытие бога, знание о котором не является непосредственным, требует доказательств.
Онтологическое доказательство бытия бога, предложенное Ансельмом Кентерберийским, но отвергнутое уже Аквинатом, отсутствует в произведениях мыслителя. Хотя его приводят и Декарт, и Спиноза, и Лейбниц, Прокопович не считает возможным использовать его из-за его априорности. Впоследствии развернутое обоснование несостоятельности онтологического доказательства бытия бога дал Кант, показав, что оно смешивает мыслительное существование с реальным.
Единственный путь познания бога, по мнению Прокоповича, это восхождение к нему от «твари», от природы, поэтому для обоснования его бытия он использует только апостериорные доказательства. К их числу относится прежде всего космологическое доказательство, которое предлагается Феофаном в трех положениях: 1) движение каждого физического тела вызывается воздействием на него другого тела, на это другое — третьего и т. д., пока наконец не доходят до того, кто производит его начальное движение, а это и есть бог; 2) таким же образом доходят и до первопричины и точно так же — 3) от случайности — к признанию абсолютной необходимости, при этом бог оказывается «настолько необходимым, что не зависит от какой-либо иной причины и не может не существовать, если б даже сам этого захотел» (61, 43 об.). Все эти положения являются убедительным свидетельством того, что метафизическое понимание движения, причинности, необходимости и т. д. с неизбежностью ведет к идеализму. Только признание самодвижения материи, до которого еще не мог подняться механистический материализм, делает ненужным перводвигатель, первопричину, абсолютно необходимое существо и позволяет последовательно объяснить материальный мир из него самого.
В литературе уже отмечалось, что «космологическое доказательство бытия божия… Феофан изложил непосредственно по Лейбницу» (123, 63), у которого проскальзывает антиортодоксальная тенденция в его понимании. Действительно, если сравнить космологическое доказательство бытия бога, данное Лейбницем в сочинениях «Теодицея», «Богооправдание», «В защиту бога», с соответствующими местами из работ Прокоповича (см. 61, 151 л.), можно заметить их почти текстуальное совпадение. Лейбниц, написавший свои работы несколькими годами раньше Прокоповича, был корреспондентом Толомаи, учителя Феофана в Риме. От него Прокопович мог узнать об основных положениях философии Лейбница. Внимание Феофана к работам Лейбница мог привлечь и Петр I, с которым немецкий философ вел переписку об учреждении Академии наук. Однако ни сочинений Лейбница, ни упоминания его имени и ссылок на его работы мы у Феофана не находим. Поэтому вопрос о влиянии идей Лейбница на Прокоповича пока остается открытым.
