Наиболее способных учеников из своей школы Феофан рекомендует в академическую гимназию. Этот путь прошли академики Протасов и Котельников, советник академической канцелярии Григорий Теплов и др. Врач, этнограф, ботаник Штеллер, бывший некоторое время домашним врачом Феофана, по его рекомендации занимает должность адъюнкта по кафедре натуральной истории. Как сообщают биографы М. В. Ломоносова, именно Прокопович помог талантливому юноше, когда тому угрожало исключение из Славяно-греко-латинской академии за то, что он назвался дворянским сыном, чтобы быть принятым в академию. «Не бойся ничего, — сказал ему тогда Феофан: — хотя бы со звоном в большой московский соборный колокол стали тебя публиковать самозванцем — я твой защитник!» (106, 1, 490). А когда в университет при Петербургской академии наук были приглашены наиболее талантливые выпускники из Славяно-греко-латинской академии, то в число их попал и Ломоносов, чему немало содействовал «бывший синодальным вице-президентом Новгородский и Великолукский архиепископ Феофан Прокопович» (69, 33). По приезде в Петербург Ломоносов несколько месяцев жил в доме Прокоповича. Возможно, именно Феофан посоветовал будущему великому ученому продолжить свое образование в Киеве, а потом и за границей.
Когда на академическом заседании 17 февраля 1735 г. конференц-секретарь, академик по кафедре высшей математики Христиан Гольдбах высказал мнение о написании истории Академии наук, он предложил обратиться с такой просьбой к Прокоповичу, который «заботился об ученых как отец» и хорошо знал состояние просвещения в России как в давние времена, так и при Петре I (87, 24).
Прокопович не только считал просвещение основой общественного прогресса и всемерно содействовал его развитию, но и связывал это развитие с распространением таких достижений науки, которые, подобно учению Коперника, подрывали церковно-схоластическое мировоззрение и освобождали человеческий разум от оков средневекового теологического мышления.
Учение Коперника Феофан начинает излагать еще в киевской академии. В своем курсе, который он читает в 1707–1709 гг., Прокопович знакомит своих слушателей с системами мироздания Птолемея, Коперника, Тихо де Браге. Для уяснения гелиоцентрической системы Прокопович обращается к Галилею. В стихотворении «Папский приговор Галилею» (56, 864) он утверждает, что мир Галилея — истинный мир. В этом стихотворении Феофан называет Галилея деятельным служителем природы, а папу — слепым кротом, который тщетно стремится затушить яркий факел познания, зажженный разумом Галилея.
