Будучи человеком действия, всегда старавшимся реализовать свои теоретические взгляды, Прокопович пытается воплотить в жизнь названные принципы в созданной им на собственные средства школе, в которой получали образование около 160 детей бедных родителей и сирот. Многие из них впоследствии стали видными учеными, как, например, А. И. Протасов и С. К. Котельников — ближайшие помощники М. В. Ломоносова в научной и педагогической деятельности. Феофан очень заботился об этой школе и стремился, чтобы в ней преподавали лучшие учителя. В Феофановой школе детей обучали не только риторике, философии, физике, математике, но и музыке, пению, рисованию. Певческая капелла из учеников его школы была одной из самых знаменитых в Петербурге.
Известно, что еще до приезда Прокоповича в Петербург Петр I вынашивал планы создания в России академии наук. Он вел по этому поводу переписку со многими зарубежными учеными, в том числе и с Лейбницем, во время своего путешествия по Западной Европе внимательно присматривался к деятельности научных учреждений. Первоначально предполагалось, что академии наук будет предшествовать ряд подготовительных учреждений. Разработку одного из таких учреждений, университетского типа, включая чертежи, выбор участка для строительства, определение принципов организации, подборку слушателей и профессоров, Петр поручил Прокоповичу. Проект этого учреждения Прокоповичем был выполнен (см. 17). Прокопович предполагал назвать его «Сад Петров» или «Петергартен». Непосредственной и ближайшей задачей Феофана стала подготовка ученых для будущей академии наук. Весьма ревниво относился он к тому, чтобы и слушатели и профессора этого учебного заведения были «россиянами». Вместе с тем он считал возможным недостающих преподавателей «призвать… ис академий иноземных». После одобрения проекта Петром Прокопович шлет письмо кабинет-секретарю Макарову, в котором обосновывает важность для государства реализации этого проекта. Он просит предоставить для этой цели деньги, предназначенные для сооружения большой каменной церкви в Смоленске.
Однако позже Петр отказался от последовательного создания сначала университета, а потом академии наук. Он предложил соединить в одном учреждении и университет и академию. Этот проект, дававший значительный выигрыш во времени, был оформлен Блюментростом. В 1724 г. Академия наук была учреждена. С первых дней ее существования Феофан Прокопович оказывает всемерную помощь академическим ученым. Этот факт отмечают все исследователи истории Академии. «Среди видных государственных деятелей, на поддержку которых всегда могла рассчитывать Академия наук, — пишет Ю. X. Копелевич, — был и сподвижник Петра… Феофан Прокопович. Хотя в свое время он предлагал Петру более постепенный путь внедрения наук, но в период организации Академии он уже был в числе ее покровителей…» (94, 207).
