Полемизируя против закрепленного схоластикой аристотелевского тезиса о неизменности неба, в котором созданные богом планеты и звезды движутся по неизменным круговым орбитам, Прокопович использует данные современной ему науки для доказательства противоположной точки зрения. «Мы утверждаем, — пишет он, — что небеса также подвержены изменениям, это достаточно ясно увидели и другим доказали выдающиеся астрономы, а именно на основании появления и исчезновения некоторых звезд… а также на основании наблюдения за солнечным телом, на котором, как многие заметили, возникают какие-то пятна» (61, 167 л.). Здесь содержится намек на работы Галилея «Разведка о плавающих телах» (1612) и «Сообщения и размышления относительно солнечных пятен и их свойств, изложенные в трех письмах, адресованных Марку Вельзеру» (1613), в которых сообщалось об открытии солнечных пятен. Подобное описание этих пятен и их движения по солнечному диску со ссылкой на работы Галилея приводится Прокоповичем в его «Натурфилософии». Открытие солнечных пятен свидетельствовало о наличии изменений на самом небе. Этот вывод, резко противоречащий учению перипатетиков, Прокопович подтверждает данными наблюдений над движением планет, в частности открытием Галилеем фаз Венеры, которая, как и Луна, с течением времени меняет свой вид — от круглого диска до узкого серпа.
Интересны мысли Прокоповича об изменениях земной поверхности, которые совершаются, по его мнению, в результате действия естественных сил, а не божьего вмешательства. Они также подводили его слушателей к идее всеобщей изменчивости природы и ее развития. «С течением времени, — говорит Прокопович, — возникло множество новых гор, многие из них превратились в равнину. Это происходит обычно определенным способом, действием силы вод, которые вымывают внутренние слои земли и подымают горы, а другие сносят, нажимая на них, а также действием силы ветров, движений земли и иных» (61, 193 л.). Противоречили библейскому утверждению о неизменности созданной богом природы и рассуждения мыслителя о том, что реки меняют свои русла, а морские берега — свои очертания, что под действием силы вод и геологических сдвигов образуются новые острова, меняется конфигурация материков. «Пишут и о Сицилии, — замечает Прокопович, — что она была соединена с Италией, но не так давно отделилась от материка, а потом вследствие обмывания морем стала еще более отдаленной» (там же, 173 об.).
