Учение о движении Прокоповича деистично. Бог, по его мнению, создал материю, телесную субстанцию, вещи, но «вместе с ними он создал и их действия, ибо они имеют не меньшее значение, чем существование вещей» (61, 68 об.). Как деист, Прокопович ограничивает бога актом творения материи и движения, которые существуют дальше на своей собственной основе, подчиняясь законам сохранения, действующим в природе.
Прокопович полностью согласен с Аристотелем в том, что среди свойств физического тела первое и основное есть движение, «ибо это свойство является существенным признаком природы… а о том, что я определил природу через движение, — говорит он, — вы уже слышали раньше» (там же, 99 л.). Изучение движения природных тел, по мнению Прокоповича, должно составлять ядро физического знания. «Без основательного понимания движения нельзя хорошо понять и всего остального из того, что исследует в природе физик, ибо все перемены, возникновение и гибель, круговорот небес, движение элементов, активность и пассивность, текучесть и изменчивость вещей происходят благодаря движению. Движение представляет собой как бы общую жизнь всего мира» (там же, 99 л.).
Рассматривая движение как неотъемлемое свойство природы, Феофан утверждает, что «ни одна субстанция не является бездеятельной» (там же, 197 л.) и что природа «никогда не пребывает в покое» (там же, 77 об.). Особенно важно то, что универсальность движения он связывает с идеей изменчивости. Эта последняя, распространяясь на все более широкую предметную область, способствовала формированию представления о развитии природы. Оно глубоко противоречило закрепленному схоластикой библейскому утверждению о неизменности всего созданного богом. Философия и естествознание XVII в. еще не доводят признание универсальности движения до идеи развития, идея эта начинает утверждаться лишь в XVIII в. У Прокоповича также нет понятия развития, однако некоторые моменты его натурфилософии подтверждают, что он подходит к пониманию содержания, вкладываемого в это понятие. Так, Прокопович говорит, что природа и каждая отдельная вещь движутся от простого к сложному, что движение поступательно и связано с достижением вещью определенной завершенности. Он вводит понятие становления, под которым понимает формирование, соединение материи с формой. Хотя эти мысли еще отрывочны, односторонни, иногда облечены в телеологическую форму, тем не менее они были историческими ступенями утверждения идеи развития. К ней подводили и выдвигаемые в его философском курсе положения об изменении звездного неба, материков и островов, гор и равнин — положения, которые подрывали средневековое метафизическое представление о неизменяемости небесных сфер.
