Онтология томизма, как известно, является двойственной, она разделяет все бытие на бытие несотворенное и бытие сотворенное. Согласно взглядам томистов, абсолютным, необходимым, безусловным, несотворимым бытием обладает только бог. Бытие бога выводится из его сущности. Сущность и существование в боге совпадают, являются тождественными. В отличие от бога природные тела сами по себе не обладают бытием, они получают его только через причастность к божественному акту творения. Из их сущности не выводится существование. Различие сущности и существования в томизме представляется не только как мысленное, но и как реальное. Фома Аквинский перенес разграничение сущности и существования на материю и форму. Материя по своей сущности не имеет существования, но получает его от формы, которая в силу своей интеллегибельной природы причастна к божественным идеям, чистому бытию.
Критика этих взглядов велась профессорами киевской академии, в том числе и Прокоповичем, в трех направлениях: 1) они отрицали разделенность сущности и существования в природных телах и считали их едиными, нераздельными; 2) они возражали против того, что материя получает свое существование от формы, и утверждали, что она обладает собственным существованием, вытекающим из ее сущности; 3) в отличие как от Фомы, так и от Аристотеля некоторые из них утверждали, что основанием общего, а следовательно, и сущности в природных телах является материя, а различия и индивидуальности — форма. Поэтому принципом индивидуации у них служит не материя, как у Фомы, а форма.
Подобно своим предшественникам по киевской академии, Прокопович исходит из того, что сущность не может существовать вне того, сущностью чего она является. Сущность и существование являются определенностью природного тела и не отделимы от него и друг от друга. Повод же к постановке вопроса об их отделимости «дает томистская школа, которая учит, что материя не имеет собственного существования, но заимствует его целиком от своей формы… Мы же, — говорит Феофан о себе и своих коллегах, — стоим на противоположной точке зрения» (61, 69 об.). Она состоит в признании того, что материя «имеет свое собственное существование или сама является своим собственным существованием».
Взгляды Прокоповича выражали оппозицию томизму в понимании основания индивидуации (principium individuationis). Еще Аристотель утверждал, что форма — это то, что в вещах является общим, видовым, а материя — все то, что в них специфично, случайно, несущественно. Благодаря форме или сущности материя специфицируется, индивидуализируется, становится той или иной вещью. Хотя Аквинат и повторяет аристотелевский тезис о материи как об основании индивидуализации, он подвергает гилеморфизм Стагирита телеологизации. Ведь формы у него существуют не только в вещах и в отраженном виде в уме человека, но и до вещей, ante res, в уме творца как экземпляры, служащие моделью творения. В вещах они являются не совокупностью общих естественных признаков вещей, но их божественным идеальным компонентом. Прокопович пытается вернуться к пониманию формы как естественного, природного компонента тела, не несущего в себе ничего божественного или сверхъестественного. В этом форма не знает никакого преимущества перед материей. Последней, в его понимании, гораздо больше подходит название сущности, чем форме. Ибо тем общим, в чем едины все природные тела, что повторяется в каждом из них, у него выступает не форма, а материя. Материя подвергается спецификации, является тем, что специфицируется, а форма — тем, что придает материи специфику. «Это легко доказывается так, — говорит Феофан. — Разнообразные телесные субстанции, принадлежащие к различным видам, отличаются между собой природным способом. Ибо кто может сказать, что лев от осла, или вол от рыбы, или рыба от латука отличается очень мало. Материей, как мы видели, они не отличаются, следовательно, чем-то другим. Именно это я и называю формой» (61, 70 об.). Вместе с тем материя у Прокоповича не остается только пассивным основанием, субъектом, преемлющим спецификацию. Она «не бездеятельна», не мертва, но исполнена внутренних усилий, желаний, порывов навстречу форме. Поэтому в акте спецификации материя принимает активное участие. Для Прокоповича материя является основанием единства тел, а основанием их различия — форма.
