Возражая против понимания материи как чистого небытия, противопоставлявшегося богу как чистому бытию, Прокопович вместе с тем склоняется к идущему от неоплатонизма и воспринятому Николаем Кузанским, Патрици, Телезио, Кампанеллой и другими мыслителями позднего Возрождения положению о том, что все существующее есть единство бытия и небытия. В его работах можно найти также интересную мысль, согласно которой всякое небытие и ничто относительны, будучи небытием и ничто в одном отношении, они выступают как бытие и нечто — в другом. Так, говорит Прокопович, возникновение чего-либо — это переход от небытия к бытию.
Прокопович твердо убежден, что все в природе возникает из материи. «Когда что-нибудь возникает, — пишет он, — оно не возникает из ничего, следовательно, из чего-то… и это, говорю Вам, есть материя» (61, 67 л.). Он не сомневается в том, что формы выводятся из материи и что материя, следовательно, имеет первенствующее значение в соотношении материи и формы. «Когда говорят, — пишет Феофан, — что формы не возникают из ничего, то в этом убеждает и сам разум, когда же учат, что они выводятся из материи, то делают правильно… Но происходит ли это внутри самой материи? С этим я легко соглашаюсь, однако этим вопрос не исчерпывается…» (там же, 72 л.). Утверждая, что все, в том числе и формы, возникает из материи, Прокопович не может ответить на вопрос, как это происходит. Для него, как и для многих других современных ему философов, решение этого вопроса представлялось чрезвычайно трудным. Препятствием же для преодоления этой трудности выступало традиционное рассмотрение формы как самостоятельного, отличного от материи принципа бытия природного тела. Вполне понятно, что при этом возникало логическое противоречие — либо все выводится из материи, в том числе и формы, и тогда только материя является основанием, принципом, а формы в силу своей выводимости перестают быть принципом, либо формы не выводятся из материи, и тогда они сохраняют свой статус принципа. Прокопович же хочет показать, что формы и выводятся из материи, и одновременно являются принципом. Над путями устранения этой трудности размышляли многие мыслители XVI–XVII вв., ибо пути эти были порождены самим развитием философской науки, преодолевающей аристотелизм, в частности учение о двойственности принципов природного тела.
Начало преодоления этой трудности связано с перенесением центра тяжести в академических курсах с формы на материю, которое обнаруживается также и в попытках рассмотреть соотношение формы и материи сквозь призму таких понятий, как «бытие», «сущность» и «существование»; последнее было вызвано потребностью борьбы с томизмом.
