Что касается рода смерти обоих апостолов, то нам известно с точностью, что Петр был распят. По старинным текстам, вместе с ним была казнена и его жена, причем он видел, как ее вели на казнь. По одному преданию, распространившемуся начиная с III века, апостол, в своем смирении не желавший сравняться с Иисусом, сам просил, чтобы его распяли головою вниз. Так как характерной чертой бойни 64 года была погоня за гнусной небывальщиной в отношении истязаний, то возможно, что действительно Петр был выставлен перед толпой в таком ужасном виде. Сенека упоминает о случаях, ще тираны приказывали переворачивать распятых головой вниз. Впоследствии же христианское благочестие открыло мистическую тонкость в том, что было лишь странным капризом палачей. Быть может, слова четвертого Евангелия: «Прострешь руки твои, и другой препояшет тебя и поведет, куда не хочешь» заключают в себе намек на эту особенность казни Петра. Павел, как honestior, был обезглавлен. Впрочем, возможно, что он предан был правильному суду и не был включен в огульный приговор над жертвами празднества Нерона. По некоторым признакам, Тимофей был арестован вместе со своим учителем и остался в тюремном заключении.
Уже в начале III века близ Рима существовали два памятника, с которыми связывали имена апостолов Петра и Павла. Один из них, памятник Св. Петру, был расположен у подошвы Ватиканского холма, другой, — памятник Св. Павлу, — на дороге в Остию. В ораторском стиле эти монументы носили громкое название «трофеев» апостолов. Вероятно, то были callae или memoriae, посвященные этим святым. Подобные монументы в общественных местах существовали до Константина; но можно с полным правом предполагать, что эти «трофеи» были известны лишь верующим; быть может, это было не что иное, как ватиканский Теребинт, с которым в течение веков связывалась память Петра, Пин Сальвиниевых Вод, по некоторым преданиям, центр воспоминаний, относящихся к Павлу. Впоследствии эти «трофеи» обратились в гробницы апостолов Петра и Павла. Действительно, около середины III века появляются останки, которые служат предметом общего почитания, как тела апостолов, и которые, по-видимому, были извлечены из катакомб на Аппиевой дороге, в месте, где действительно находилось несколько еврейских кладбищ. В IV веке эти трупы покоятся в месте двух «трофеев». Над этими «трофеями» в то время возвышались две базилики, из коих одна обращена в нынешнюю базилику Св. Петра, другая же, базилика «Св. Павла-вне-ограды», сохранила до нашего века свои главные очертания.
