12 января 1945 года нарком А.И.Шахурин сообщал И.В.Сталину: «Первые 50 самолетов Ер-2, выпущенные с моторами АЧ-30Б первых серий, могут быть использованы для учебно-тренировочных полетов ‹…› на первое время в радиусе действия до 500 км.
Все остальные самолеты могут быть использованы без ограничений в соответствии с тактикотехническими данными… Для перевооружения на Ер-2 выделяется 8-я гвардейская авиадивизия (командир В.Г.Тихонов) в составе 327, 329, 332-го (а также 328-го. – Н.Я.) авиационных полков. Первый полк этой дивизии будет подготовлен к 15 марта, второй – к 15 апреля и дивизия в целом к 15 мая 1945 г.».
На 26 марта 1945 года 33 бомбардировщика Ер-2 находились в 1-м и 3-м авиакорпусах и 77 – в 8-й гвардейской авиадивизии. До конца войны оставалось полтора месяца, и на Ер-2 успели совершить лишь два боевых вылета.
Летом того же года в 8-й гвардейской авиадивизии должны были начаться войсковые испытания Ер-2, однако эти планы пришлось корректировать. 12 июля нарком А.И.Шахурин писал командующему 18-й воздушной армией (6 декабря 1944 года АДД переименовали в 18-ю В А) А.А.Новикову:
«Учитывая заявление главных конструкторов Чаромского и Сухого о возможности быстрого улучшения материальной части генерал-майора Тихонова, а также в связи с недостатком запасных частей мотора ‹…› и необходимости подготовки группы самолетов к параду, прошу отложить войсковые испытания ‹…› Ер-2 на срок до особой договоренности».
Несмотря на это, Ер-2 передали на войсковые испытания, проходившие на аэродроме Белая Церковь (Украина). Они завершились 23 августа с неудовлетворительной оценкой из-за большого количества дефектов, в том числе у дизелей. Отмечались невозможность полета на одном моторе и тяжелое управление. Более того, 10 августа один самолет (заводской № 7013907) потерпел катастрофу в районе Полтавы.
В августе 1945 года командование 18-й воздушной армии подготовило обзор работы самолетов Ер-2 с моторами АЧ-30Б за период с августа 1944 года по июль 1945 года. За это время количество боевых машин возросло с 13 до 185, а общий налет составил 6477 часов. Средний налет на один дефект но самолету – 29,2 часа, а по мотору – 14,4 часа. Чаще всего ломались коленчатые валы и разрушались поршни двигателей, выходили из строя шасси и появлялись трещины в топливных баках. Заказчик потребовал устранить все дефекты, установить флюгерные винты и передать на государственные испытания три самолета, а в декабре 1945 года отправить на войсковые испытания 20 машин. В августе вышло соответствующее постановление ГКО, но, несмотря на все усилия, предприятия Наркомата авиационной промышленности не смогли справиться с поставленной задачей и на основании постановления правительства от 26 февраля 1946 года Ер-2 сняли с производства, а затем и с вооружения. К этому времени на заводском аэродроме находилось 94 самолета, готовых к отправке заказчику, а в сборочном цехе – 49 машин. Значительным был и задел, скопившийся в агрегатных и заготовительных цехах.
