Между тем оставаться и в Гуадалахаре было небезопасно. Хуарес решил направиться в город Колиму, но ему помешал мятеж одной из рот местного гарнизона, которым командовал подполковник Ланда. Мятежникам удалось выпустить из тюрьмы уголовников и с их помощью арестовать Хуареса и членов его правительства.
Хуарес, Окампо, Прието и другие руководители левых оказались в руках пьяной солдатни. Мятежники пытались расстрелять Хуареса, но Прието прикрыл его собой и страстной речью уговорил солдат сохранить арестованным жизнь. Как всегда в моменты опасности, так и на этот раз Хуарес проявил полную невозмутимость, спокойствие и хладнокровие. Мятежники, против которых охрана Хуареса открыла огонь, потребовали от него приказать конституционалистам сдаться, обещая взамен сохранить ему жизнь. Хуарес решительно отказался выполнить их требование, более того, он убеждал мятежников сложить оружие и подчиниться законному правительству. Три дня продолжались бои в Гуадалахаре. Наконец сторонникам Хуареса удалось освободить его. Этот эпизод со свойственной ему лаконичностью Хуарес так записал в своем дневнике: «13-го восстала охрана дворца и по приказу Лайды, возглавлявшего мятеж, меня арестовала. 15-го я был освобожден».
В тот же день, 15 марта, президент, его министры в сопровождении отряда в 100 человек покинули Гуадалахару, преследуемые все тем же подполковником Ландой.
По дороге беглецы остановились переночевать в селении Атаклан. Здесь их настиг и окружил подполковник Ланда. Казалось, смерть снова пришла за Хуаресом и его друзьями. Хуарес предложил своим министрам оставить его и попытаться по одному бежать. Сам же он, как и полагается главнокомандующему, останется с верными ему бойцами сражаться до последнего патрона. Министры Хуареса не пожелали покинуть его. Было решено всем вместе пробиваться сквозь окружение, что им удалось сделать следующей ночью.
Теперь уже это было не отступлением, а настоящим бегством. И тем не менее Хуарес и его друзья не падали духом. На всем пути простые люди — крестьяне, индейцы, горожане — встречали их хлебом-солью, преподносили цветы, оказывали всякого рода помощь. «Народ нас поддерживает, — говорил Хуарес своим спутникам, — а это главное. Наши враги могут нанести нам тысячу поражений, но одолеть пробудившийся к борьбе народ они все равно не смогут. Если мы проявим упорство и будем продолжать нашу политику реформ, победа будет за нами».
В Колиме, где власть удерживали левые либералы, Хуарес и его спутники смогли, наконец, передохнуть, привести себя в порядок и вновь наладить связь со своими единомышленниками в других штатах. Сведения, поступавшие в Колиму, были неутешительны. Генерал Парроди попал в окружение в Гуадалахаре и сдался противнику. В распоряжении конституционного правительства осталось всего 350 солдат и две пушки. На севере Мексики войну с войсками Сулоаги можно было продолжить только партизанскими методами. Учитывая создавшуюся обстановку, Хуарес и его друзья решили перебраться в Веракрус, где имелись хорошо вооруженные отряды Национальной гвардии и большой арсенал в крепости Сан-Хуан-де-Улуа. С суши Веракрус был защищен окружавшими его малярийными топями. Немаловажным соображением было и то, что для закупки оружия можно было воспользоваться доходами местной таможни.
