Комонфорт не решался ни на то, ни на другое. Видя его колебания, реакционеры 11 января 1858 года совершили новый переворот, они объявили о смещении Комонфорта и провозгласили президентом генерала Сулоагу. Комонфорт, опираясь на верные ему части, попытался было оказать сопротивление, но, покинутый левыми и правыми, бежал в Веракрус, предварительно освободив из заключения Хуареса и других демократов. В Веракрусе Комонфорт заявил, что отказывается от поста президента в пользу Хуареса. 7 февраля он покинул Мексику и направился в Соединенные Штаты.
После бегства Комонфорта Хуарес и другие левые либералы — члены разогнанного Сулоагой конгресса — тоже покинули столицу и разными путями направились в город Гуанахуато, расположенный в 300 километрах к северу от Мехико. Здесь их поддержал генерал Парроди, располагавший 8-тысячной армией.
Дои Бенито прибыл в Гуанахуато 18 января. «Сюда явился некий индеец Хуарес, выдающий себя за президента республики», — писал в те дни в письме из Гуанахуато один местный житель. На следующий день Хуарес обратился к стране с воззванием, в котором, ссылаясь на конституцию, объявлял, что вступил в должность президента. Он осудил мятежников за стремление под предлогом защиты церкви и религии разрушить законный порядок, установленный согласно воле большинства мексиканцев. Хуарес призвал народ выступить в защиту конституции 1857 года и прогрессивных законов, принятых учредительным собранием, и строго наказать мятежников.
Несколько дней спустя Хуарес создал правительство с участием виднейших левых либералов. Мельчор Окампо стал военным министром, министром иностранных и внутренних дел. Прието — министром финансов. Генерал Парроди был назначен главнокомандующим войск.
Обычно в Мексике считалось, что тот, кто правил в столице, правил в стране. После очередного переворота проигравшая сторона, по крайней мере на некоторое время, прекращала дальнейшую борьбу. Теперь же, создав свое правительство внутри страны, левые заявляли, что они отказываются подчиниться неписаным правилам игры в пронунсиаменто и будут бороться с оружием в руках против мятежников, засевших в столице, пока правое дело конституционалистов не восторжествует.
Хуарес и члены его правительства, не теряя времени, стали направлять послания и письма своим единомышленникам в других штатах, призывая к активному сопротивлению мятежникам. Телеграфа в их распоряжении не было. Ежедневно Гуанахуато покидали курьеры Хуареса, переодетые в погонщиков мулов или крестьян, с посланиями его единомышленникам в провинциях. «Вооружайтесь, создавайте партизанские отряды, готовьтесь к длительной и беспощадной борьбе, нас ждут суровые времена, но мы победим извечных врагов мексиканского народа — реакционных церковников и продажных генералов-предателей», — писал им законный президент Мексики.
