Назначение было весьма своевременным, ибо Альварес действительно нуждался в толковых советах при сложности политических событий в Мексике. Пятнадцать дней спустя после прибытия Хуареса в штаб Альвареса его «светлейшее высочество» Санта-Анна бежал из столицы в Веракрус. По дороге он отрекся от своего титула, назначив преемником одного из своих дружков, генерала Карреру. Вскоре он покинул Мексику, направившись в Венесуэлу, где приобрел заблаговременно крупное поместье. Каррера же высказался в поддержку «плана Аютли» и обратился к Альваресу с предложением о сотрудничестве. Он даже назначил Хуареса губернатором Оахаки. Но Хуарес с негодованием отверг назначение и предупредил главнокомандующего, что Каррера и другие приближенные узурпатора «решили примкнуть к революции с тем, чтобы погубить ее, спасти свои должности и избежать наказания за свои преступления. Они рассчитывают воспользоваться жертвами патриотов, которые боролись за освобождение своей родины от клерикальной и военной тирании, возглавляемой доном Антонио Лопес-де-Санта-Анной». Генерал Альварес последовал совету Хуареса, потребовав немедленной отставки Карреры и направился во главе Армии восстановления свободы, состоявшей в основном из индейских партизанских отрядов, к столице.
Против Карреры выступило и трудящееся население Мехико. Противники узурпатора напали на его дворец, сожгли кареты бежавшего диктатора, а останки его ноги изъяли из кафедрального собора и выбросили на помойную яму. Походя были разгромлены редакции консервативных газет. Каррера бросил армейские части на подавление беспорядков. Но армия уже ему не повиновалась, и он бежал из столицы вслед за своим покровителем Санта-Анной.
По мере приближения Альвареса к Мехико на его сторону переходили все новые и новые провинции. В начале октября в городе Куэрнаваке, на подступах к столице, Альварес по совету Хуареса созвал хунту представителей всех штатов, поручив ей избрать временного президента. Большинство членов хунты принадлежало к левым либералам. Ее председателем был назначен старый либеральный каудильо Валентин Гомес Фариас, а секретарем — Хуарес, он же представлял в хунте свой родной штат Оахака. В хунту вошел также возвратившийся из США Мельчор Окампо и другие активные борцы против режима Санта-Анны. Хунта единогласно избрала временным президентом республики генерала Хуана Альвареса, который образовал правительство из четырех человек в составе: Мельчора Окампо — министра внутренних и иностранных дел, Игнасио Комонфорта — военного министра, Гильермо Прието — министра финансов, и Бенито Хуареса — министра юстиции, церковных дел и народного образования. Впервые в Мексике главой государства и министром кабинета стали индейцы.
