Патриотическая деятельность Хуареса на посту губернатора Оахаки вызвала недовольство местных реакционеров, которые неоднократно пытались его свергнуть, устраивая с этой целью мятежи в разных местах штата. Реакционеры не сдавались. Они рвались к власти и не только в Оахаке, но и в Мехико, надеясь вновь посадить в президентское кресло своего кумира предателя Санта-Анну.
Хуаресу удалось при поддержке населения усмирить мятежников в своем родном штате и сохранить губернаторский пост в течение всего положенного законом четырехлетнего периода. В 1852 году новым губернатором Оахаки был избран единомышленник Хуареса — Игнасио Мехия, который назначил своего предшественника директором Института наук и искусств. В этой же своей излюбленной альма матер он преподавал гражданское право и ему было присвоено звание профессора. Судя по всему, Хуарес намеревался в ближайшие годы всецело посвятить себя преподавательской деятельности. Однако развитие политических событий в стране внесло существенные изменения в мирные планы бывшего губернатора Оахаки.
В 1851 году президентом Мексики стал уже известный генерал Ариста, как и Санта-Анна игравший в период войны на руку американским интервентам. Правительство Аристы, опиравшееся на умеренных либералов, дискредитировало себя пресмыкательством перед Соединенными Штатами, финансовыми аферами, коррупцией. В начале 1853 года Ариста без особого труда был свергнут, и его место занял Санта-Анна, который провозгласил себя покровителем церкви и защитником помещичьей собственности. Старый авантюрист, выдавая себя за патриота, пообещал модернизировать армию, обучить ее современному искусству ведения войны, пригласив с этой целью офицеров-инструкторов из Испании и Пруссии. В действительности же Санта-Анна стремился превратить армию в свою преторианскую гвардию.
Захват власти предателем Санта-Анной вызвал в ряде районов Мексики восстания и активное партизанское движение, справиться с которым диктатору было не под силу. Преследование партизан стоило денег, между тем казна Санта-Анны была пуста. Церковники хотя и восхваляли диктатора, но проявляли характерную для них скупость в отношении предоставления ему денежных средств. От банкротства его спасли Соединенные Штаты, отхватив от Мексики за свою «щедрость» новый кусок территории.
Ссылаясь на одну из статей договора Гуадалупе-Идальго, предоставлявшую им право переходить границу в целях преследования воинствующих индейских племен, американские войска вторглись в пределы Мексики и заняли обширную долину Ла-Месилья, размером в 140 тысяч квадратных километров. Американцы через своего посла Гадсдена предложили Санта-Анне уступить им захваченную область за «щедрое вознаграждение». Вот как сам Санта-Анна описывает в своих воспоминаниях последовавший за этим предложением торг:
