Хуарес строго следил за тем, чтобы торговцы, домовладельцы, помещики платили положенные им налоги, что позволило ему не только исправно выплачивать жалованье чиновникам и располагать средствами на школьное и дорожное строительство, но и почти выплатить долг штата, который в 1847 году составлял 124500 песо, а четыре года спустя снизился до 8710 песо. Хуарес не только расплачивался с долгами штата, но и отчислял положенную часть доходов Оахаки в национальную казну, что до него да и долго после него по доброй воле делали считанные губернаторы.
Оздоровление финансов штата Оахака, осуществленное Хуаресом, казалось в тогдашних условиях Мексики настоящим чудом. Ведь национальный долг страны продолжал расти как на дрожжах. Бюджет национального правительства всецело зависел от местных ростовщиков и иностранных займов.
Эти успехи были достигнуты Хуаресом, несмотря на постигшее в 1850 году Оахаку бедствие — эпидемию холеры, в результате которой погибло 10698 жителей из 525-тысячного населения штата. Жертвы эпидемии были бы значительно большими, если бы Хуарес не мобилизовал все местные ресурсы для оказания медицинской помощи населению, для чего следовало преодолеть бытовавшие среди жителей под влиянием церкви предрассудки против прививок. Немало способствовал распространению эпидемии обычай захоронения умерших в церквах и прицерковных участках. Еще в 1829 году после очередной эпидемии холеры в Оахаке было открыто гражданское кладбище, но оно продолжало пустовать, хотя закон запрещал хоронить в церквах. Духовенство цепко держалось за столь доходную статью, как предоставление права захоронения на «освященной» земле церковных участков. Когда его собственная дочь Гуадалупе умерла от холеры, Хуарес демонстративно захоронил ее на гражданском кладбище. «Я лично, — пишет он в своих воспоминаниях, — свез тело моей дочери на кладбище Сан-Мигель, расположенное за городской чертой, с тем чтобы подать пример подчинения закону, который был аннулирован предрассудками, что приносило большой вред здоровью населения. С того времени и благодаря этому примеру, а также настойчивости, с которой я препятствовал захоронению в церквах, укоренилась практика захоронения умерших за городской чертой Оахаки».
Охраняя национальные интересы Мексики, Хуарес, будучи губернатором, самым решительным образом воспротивился передаче Соединенным Штатам права на строительство железной дороги через перешеек Теуантепек, западная часть которого проходит по территории штата Оахака. Мексиканское правительство уже было согласилось не только предоставить такое право США, но и разрешить им послать свои войска для охраны строительства, однако твердая позиция Хуареса, угрожавшего оказать вооруженное сопротивление ненавистным янки, и протесты других патриотов заставили правительство аннулировать ранее достигнутое с Вашингтоном соглашение по этому вопросу.
