Новые задачи, поставленные перед Алексеем Макарычевым были примерно в десять раз больше. Предстояло обеспечить и провести полный комплекс работ по программе «Энергия-Буран». Для этого было создано Главное специальное военное строительное управление, в котором пришлось создавать огромное количество строительных организаций, заниматься тщательным подбором кадров и одновременно выполнять сложнейшие задачи.
Не успел он сойти с трапа самолета на аэродроме Крайний, как офицер связи вручил ему специальную шифрограмму, по которой предписывалось разгрузить 900 железнодорожных вагонов на следующее утро и лично доложить о выполнении работ Министру Обороны Советского Союза маршалу Д. Язову. Как вспоминает Алексей Алексеевич, узнав какой объем работ предстоит выполнять, на душе стало тревожно. Полчаса в одиночестве ходил во взлетной полосе в раздумье. Разговор с самим собой закончил жестко: «Работать!»
С этой задачей и всеми последующими Алексей Макарычев справился. Уже через пару месяцев досконально знал каждый объект, людей, освоил специфику строительства для космических войск. Многое из того, что строилось на Байконуре, по объемам сложности в техническом и технологическом отношении, не имело аналогов в Советском Союзе. Это требовало большого напряжения сил, высочайшей организованности, широкого профессионализма, умелой координации огромного коллектива строительства. Коллектив, воспитанный генерал-майором Г.М. Шубниковым, был полностью готов к таким работам. Это были люди-патриоты, уже прослужившие на Байконуре к тому времени по 25 лет.
Среди сложнейших поставленных задач были такие, как строительство самых больших в Европе азотно-кислородного завода и завода холода для термостатирования компонентов ракетного топлива. Для этих целей также были построены гигантские резервуары, значительно превышавшие по объему, строившиеся ранее. Намного была увеличена численность рабочих, монтажников, добавлялось и количество строительной техники. На станцию приходило огромное количество железнодорожных вагонов с изделиями и материалами, которые потом распределялись по строительным объектам. Также были построены монтажно-испытательные корпуса, различные удаленные объекты, осуществлявшие контроль за полетами — это специальные станции в Джезказгане, Караганде и Барнауле. Информационно-вычислительный центр (ИВЦ) на Байконуре был построен с нуля и строился таким образом, что когда сдали первый этаж, там сразу же приступали к работе специалисты, и при этом шла отделка следующих этажей.
