Равным образом не мог патриарх Иов не быть преданным и новому государю - Борису Федоровичу Годунову, о котором потом в своем духовном завещании так отозвался: "Зело всячески мя преупокои во вся дни живота моего, егда бех на Коломенской епископии и на Ростовской архиепископии, такоже и в митрополитех, и на патриаршеском степени, яко не могу по достоянию изрещи превеликия его царския милости к себе, смиренному". Известно, что Иов преимущественно и содействовал избранию Годунова на царство. Когда Ирина отказалась от престола и, удалившись в Новодевичий монастырь, приняла там монашество с именем Александры, патриарх с духовенством, боярами и гражданами Москвы отправился в тот монастырь и умолял царицу благословить на царство брата своего Бориса, который и при жизни ее мужа был правителем России, а самого Бориса просил принять царское достоинство. Но Борис решительно сказал: "Мне и на ум никогда не приходило о царстве, как мне помыслить на такую высоту?.. О государстве и о всяких земских делах радеть и помышлять тебе, государю моему отцу, святейшему Иову патриарху, и с тобою боярам..." Борису хотелось быть избранным не одною Москвою, а всею Русскою землею. Созван был великий земский Собор из выборных представителей всего государства числом до 474 человек. Патриарх обратился к ним с речью (17 февраля 1598 г.) и, объявив, что по смерти царя Федора Ивановича ни царица Ирина, ни брат ее Борис, несмотря на все просьбы, не согласились занять царский престол, предложил: "Теперь вы бы о том великом деле нам и всему освященному Собору мысль свою объявили и совет дали, кому у нас государем быть?" Но вдруг же, не дожидаясь ответа, продолжал: "А у меня, Иова патриарха, и у митрополитов, архиепископов, епископов и у всего освященного Собора, которые при преставлении царя Федора Ивановича были, мысль и совет у всех один, что нам, мимо Бориса Федоровича, иного государя никого не искать и не хотеть". После этого, естественно, и все прочие архиереи и вообще духовные лица, прибывшие из других городов в Москву, единогласно воскликнули: "И наш совет и желание то же, и мы единомысленны с тобою, отцом нашим, великим господином Иовом патриархом". А за архиереями волею и неволею то же велегласно и многократно повторяли и все бояре, и все выборные Русской земли. Следующие три дня (18 - 20 февраля) Иов торжественно служил молебны в Успенском соборе, чтобы Бог даровал России царя Бориса Федоровича, и на третий день после молебна отправился с духовенством, боярами и множеством народа в Новодевичий монастырь с прежнею просьбою к царице и брату ее от лица всей Русской земли. Но, получив и теперь отказ, патриарх распорядился, чтобы на следующий день молебны отслужены были не в одном Успенском соборе, но во всех церквах и монастырях столицы и чтобы потом все православные с иконами и крестами шли в Новодевичий монастырь просить милости царицы и Бориса Федоровича, а с архиереями тайно приговорил: если опять царица и Борис Федорович откажут, то отлучить его от церкви, самим же сложить с себя святительский сан и во всех храмах запретить богослужение.
