По возвращении в Немецкую слободу, Лефорт попросил полугодовой отпуск для поездки в Женеву. Ему дали отпуск с сохранением жалования и он отправился на родину. Лефорту было тогда двадцать шесть лет. Дома родственники уговаривали его остаться в Европе, но он категорически отказался. Заявил, что не может нарушить слово, данное им русскому царю. Он говорил, что сердце его «лежит к России» и благодарность «обязывает его посвятить жизнь монарху», от которого он получил «многие благодеяния». Перед выездом обратно в Россию, Лефорт отправил прошение в женевский сенат об официальном разрешении жить в другом государстве.
Когда Лефорт вернулся в Россию, он уже не застал в живых царя Федора Алексеевича и женевца взял под своё покровительство князь Голицын, который был известен своими пристрастиями к европейской культуре. В 1683 году Лефорт дважды был повышен по службе. Первый раз в день именин царя Петра – чин майора, второй – в день именин царя Иоанна – чин подполковника. О его назначениях было торжественно объявлено перед дворцом. Присутствовали все офицеры. После чего эти события праздновались шумными пирами в Немецкой слободе.
В 1687 и 1689 годах под предводительством Голицына было организовано два похода на Крым, которые оказались неудачными. Лефорт безотлучно сопровождал князя. После первого похода его произвели в чин полковника и наградили. Второй Крымский поход закончился в самый разгар борьбы между Петром и Софьей. В начале августа 1689 года молодой царь, опасаясь низложения и ареста, отправился в Троице-Сергиев монастырь. Через какое-то время в монастырь приехал и Лефорт вместе со своим родственником генералом Патриком Гордоном. С этих пор судьба Франца Лефорта была неразрывно связана с деятельностью юного самодержца.
30 апреля 1690 г. Петр впервые посетил Немецкую слободу. Сначала он приезжал к Гордону, а несколько месяцев спустя почтил своим визитом и Лефорта. С тех пор Петр проводил у них целые дни и иногда оставался даже ночевать, оживленно беседуя, главным образом о военных делах. Со временем круг знакомых Петра в Немецкой слободе расширился. Он мог выбрать среди них человека, который смог бы давать ответы на интересующие его разнообразные вопросы и реализовать задуманные им преобразования. Этим человеком оказался Лефорт.
Лефорт, естественно, получал различные знаки дружбы, внимания и милости царя. В честь рождения царевича Алексея Петровича ему был пожалован чин генерал-майора.
