Путь до Москвы длился несколько недель, так что в столицу они прибыли уже при новом царе Федоре Алексеевиче. В тот же день Лефорт обратился в Посольский приказ и его записали в книгу заезжих иностранцев. 30-го марта Федор Алексеевич принял иноземных офицеров, а 4-го апреля объявил, что они непригодны для царской службы и должны отбыть на родину. Но ни один офицер так и не покинул Россию, каждый пошел уже своим путем, не надеясь на поддержку ван Фростена.
Согласно положению об иноземцах, Лефорт поселился в Немецкой слободе. Там он встретил своего приятеля по Архангельску итальянца Гуаскони. По вероисповеданию он принадлежал к римско-Католической Церкви и очень дружил с двумя заслуженными иноземцами, тоже католиками: полковником Полем Менезесом и Патриком Гордоном, которые состояли в царской службе.
Началась война с Турцией. Со стороны Польши и Швеции были возможны агрессивные действия. Полковник Менезес и Гуаскони содействовали Лефорту в знакомстве с чрезвычайным английским посланником сэром Гебдоном. Франц надеялся уехать с ним в Лондон, а оттуда в Париж, чтобы найти там лучшую, нежели в России службу.
Но Лефорт так и не смог уехать из России, потому что русское правительство отказало в заграничном отпуске иноземным офицерам, – это могло спровоцировать новую войну с Турцией и Крымом. Поскольку Лефорт был вынужден остаться в России, он решил жениться. Он познакомился с вдовой подполковника Сугэ и влюбился в ее единственную дочь, красавицу Елизавету. Влюбился настолько, что женился на ней, не дожидаясь разрешения родных. Свою будущую жену Франц дерзко похитил. Однако, родня Елизаветы быстро согласилась на брак с Лефортом, даже, несмотря на то, что была вовлечена в такую неудобную ситуацию. Вероятно, не последнюю роль в этом сыграл тот факт, что к этому времени Франц уже пользовался уважением среди именитых жителей слободы.
Елизавета воспитывалась в строго католическом духе, но крестить и воспитывать детей супруги решили по кальвинистскому вероисповеданию, к которому принадлежал Лефорт.
Через жену он породнился с Патриком Гордоном и с Мензесом. В семейной жизни Франц Лефорт пережил тяжелые испытания: из девяти, или одиннадцати детей, которые родились у него в браке с Елизаветой, в живых остался только один – сын Андрей.
Желая принять участие в военных действиях России против Турции, Лефорт подал прошение в Иноземный приказ о зачислении его на царскую службу. Ответом было его назначение командиром роты, которая входила в состав гарнизона Киева и принадлежала к корпусу князя Василия Голицына. Лефорт был лично ему знаком. Киевским комендантом назначили Патрика Гордона. Такой расклад давал Лефорту надежду не остаться незамеченным, и он отправился в Киев. Там он прослужил два с половиной года, принимал участие в военных походах и сражениях с крымскими татарами, не раз рисковал жизнью.
