Епископ Ватценроде зачал в Торуни внебрачного сына, но своим законным наследником он считал талантливого младшего племянника. Проведя Коперника через несколько церковных санов, он сделал его врачом и личным секретарем епископа, так что в будущем юношу ждал безграничный карьерный рост, однако он, казалось, этого совсем не жаждал. Его мысли были далеки от вопросов власти, о чем свидетельствуют записи, которые Коперник вел в годы работы у епископа. В них описываются положения Марса, Юпитера и Сатурна во время парада планет в созвездии Рака в 1504 году, а также лунное затмение, случившееся 2 июня 1509 года.
Французский ученый-универсал Пьер Гассенди, спустя более ста лет после смерти астронома (в 1654 году) написавший первую дошедшую до нас биографию Коперника, отмечал, что тот лечил бедняков совершенно бесплатно. Хотя в этом легко и соблазнительно усмотреть широту души, у вармийских крестьян, скорее всего, попросту не было денег, чтобы ему заплатить, да он и не нуждался в их грошах. Помимо жалованья, полагавшегося ему как канонику, Коперник на протяжении тридцати пяти лет получал дополнительный доход от синекуры в церкви Святого Креста во Вроцлаве. Кроме того, кафедральный капитул Вармии выплачивал ему ежегодную премию за медицинскую помощь епископу, когда у того появлялись жалобы. Согласно архивным записям, когда в 1507 году епископ Ватценроде заболел, племянник успешно его вылечил.
Коперник публично выразил благодарность дяде, посвятив ему свою первую работу со словами «О, преподобный правитель и отец нашей земли». Представленный таким образом текст был отнюдь не великой теорией Коперника, а переводом писем некоего константинопольского моралиста VII века с греческого на латынь. Коперник обнаружил 85 наставительных, пасторальных и любовных писем Феофилакта Симокатты в библиотеке капитула в книге под названием «Эпистолографы». Эти послания читаются скорее как басни и поучения, нежели письма, но, по собственному выражению Коперника, они понравились ему потому, что «Феофилакт так перемешал веселье с серьезностью и игривость со строгостью, что всякий читатель сможет выбрать из этих писем то, которое ему понравится больше всех, словно цветок в саду».
Одно из писем касалось обязанностей дяди перед племянником: «Среди кобыл есть правило, которое мне кажется очень мудрым. Более того, я возношу хвалу их глубокой доброте. Но что же это за правило? Если они видят, что жеребенку не досталось сосца, а мать его далеко, любая из них готова его покормить. Ибо они не забывают свой род и с этой единственной целью, без всякого злого умысла, вскармливают их, будто собственных детей…
