Сразу же после своего избрания он переехал из курии во Фрауэнбурге в южную резиденцию капитула. Он уже жил в брошенной крепости тевтонских рыцарей, когда служил своему дяде в Гейльсберге, а теперь оказался в замке Ольштын, в излучине реки Лыны. Новый пост он занял 11 ноября 1516 года, в день св. Мартина — первый день нового 1517 церковного года согласно церковному календарю.
Коперник обычно представляется нам одиноко читающим книги в аскетичной, почти монашеской келье или поднимающимся на какое-нибудь возвышение, чтобы изучать ночное небо, — но этот образ полностью разрушился в Ольштыне. Там Коперник оказался среди людей и принимал живое участие в их мирских заботах.
Крестьяне, оказавшиеся под его началом, жили в своих лачугах очень бедно и в постоянном страхе перед грабившими деревни рыцарями. Они платили капитулу одну прусскую марку в год за надел земли и право его возделывать, засевать и снимать урожай, хотя церковь в качестве ренты также взимала с них часть урожая.
В некотором смысле крестьянин владел своей землей, потому что мог ее продать кому-то или передать своим детям. Однако фактически всем распоряжался капитул, который записывал все обмены наделами и фиксировал их расположение в официальных бухгалтерских книгах. На чистом листе одной из таких книг новый администратор написал: «Сдача в наем поместий мною, Николаем Коперником, в 1517 году от Рождества Христова».
Долг позвал его сначала в Ионикендорф, где он одобрил передачу Мертену Кеслеру трех участков незанятой земли. Бывшего арендатора Иоахима повесили за воровство. Из-за своих преступлений (или последовавшего наказания) Иоахим не засеял землю, поэтому Коперник отложил уплату ренты Мертеном на целый год. Он также отметил несколько ценностей, доставшихся тому вместе с наделами: «Он получил одну корову, одну телку, топор и серп, а из зерна — мешок овса и ячменя для посевной, которую его предшественник пропустил». Коперник датировал свое описание «четвертым будним днем (имея в виду среду), 10 декабря 1515 года». После этого он написал: «Вдобавок я пообещал ему двух лошадей».
Коперник путешествовал верхом между 120 деревнями области, часто в сопровождении слуги Войцеха Шебульского или посыльного Иеронима. Их обоих он часто упоминал в бухгалтерской книге как свидетелей, однако каждое дело решал самостоятельно и говорил за весь капитул.
«Во владение Бартольда Фабера из Шоневальта переходят полтора надела, проданные ему Петером Преусом, который очень стар. Бартольд будет выплачивать господину полмарки в качестве ренты за половину надела. Что же касается оставшегося надела, капитул милостиво жалует одну марку вышеупомянутому Петеру пожизненно». Другими словами, Коперник позволил Бартольду Фаберу обокрасть капитул (господина), чтобы выплачивать престарелому Петеру Преусу ежегодную ренту на склоне лет. «После его смерти вся рента отойдет к господину. Сделано во второй будний день после четвертого воскресенья Великого поста (23 марта) 1517 года в присутствии моего слуги Войцеха, Иеронима и пр.».
