Промыслительно Господь сохранил Своего избранника: хотя и с сильными ожогами, но тот вышел живым из подстроенной ему коммунистами огненной ловушки, а впоследствии даже излечился от ожогов благодаря удачно подобранному сочетанию целебных мазей, рецепт которых он сообщил уже в бытность свою первоиерархом Русской зарубежной церкви в США одной из своих прихожанок — жене протоиерея Виктора Шишкова в начале 1980-х годов прошлого века. Всячески ограждая свою паству от искушений перейти в юрисдикцию Московской патриархии, архимандрит Филарет, по его собственному признанию, «никогда не осквернил свои уста и свою молитву — молитвой за антихристовых слуг» — представителей советских властей и сергианского духовенства. Святитель твердо держался избранной им линии, несмотря на неоднократные угрозы, передаваемые через прихожан и клириков Харбинской епархии, в конце 1940-х годов полностью уже ориентированной на взаимодействие с советской властью. Вместе с тем в течение ряда лет Филарет разными путями сносился с главой Русской зарубежной церкви митрополитом Анастасием (Грибановским), всегда пренебрегая опасностью, с которой это было связано. Архиерейский синод долго и упорно хлопотал о том, чтобы получить для Филарета выездную визу из Китая, и, судя по имеющейся переписке в архиве, почти каждая епархия зарубежья надеялась получить его для себя. Только лишь к 1962 году Архиерейскому синоду Русской православной зарубежной церкви удалось добиться приезда архимандрита Филарета в Гонконг, откуда тот довольно быстро переехал в австралийский город Брисбен. На пятом континенте к тому времени собралась значительная часть бывших харбинских прихожан о. Филарета, и очень скоро по его прибытии туда, за многочисленными подписями, в Синод было подано прошение о назначении архимандрита Филарета епископом в этот город. Ходатайство было охотно поддержано болевшим уже тогда архиепископом Саввой, и в 1963 году он, к радости своей паствы, стал епископом Брисбенским. На Соборе 1964 года, на котором митрополит Анастасий ушел на покой, первоиерархом был избран приехавший вместо своего правящего архиерея, архиепископа Саввы, его викарий, епископ Филарет. К удивлению многих, минуя старших по хиротонии епископов, Собор судил ему быть новым первоиерархом Зарубежной церкви, и Филарет нес это бремя в течение 21 года. Почти посередине этого времени первосвятительства был созван третий Всезарубежный Собор и произведены четыре прославления угодников Божьих — святого праведного Иоанна Кронштадтского, блаженной Ксении Петербуржской, преподобного Германа Аляскинского, святой блаженной Ксении и святых Новомучеников и Исповедников Российских. Неоднократно первоиерарх обращался с вразумляющими посланиями к главам других поместных церквей, и к его голосу прислушивались некоторые из их иерархов. По отзывам современников, владыка митрополит был замечательным проповедником, и глубокая вера, пламенная молитва, доброта и благожелательность, забота о том, чтобы не нарушался духовный мир, и непоколебимое стояние в исповедании Истины были его характерными личностными чертами. На протяжении всего своего служения он исповедовал в нашем Отечестве истинность и непорочность Катакомбной церкви и не признавал Московскую патриархию Церковью-Матерью.
