Стрельцы были злы на Шакловитого, и некоторые из тех, что перешли на сторону царя, стали требовать, чтобы его перед казнью подвергли жестокой пытке. Петр отказал им, на лице его при этом читалось отвращение.
От побежденных противников нужно было избавиться, однако если царевна Софья предпочитала физически устранять своих врагов, то Петр счел невозможным посягать на жизнь сестры. Она была отправлена в Новодевичий монастырь.
Весной 1698 года произошли новые стрелецкие волнения, разгорелся новый бунт, расправляться с которым царю пришлось уже куда жестче и суровее. Многих зачинщиков и участников пришлось казнить.
Часть историков утверждают, что Софья не принимала участия в подготовке этого бунта. Факты, однако, говорят об обратном. Не имея возможности встретиться с руководителями заговора, опальная царевна писала им письма, в чем многие из них позднее признавались на допросах, подстрекала к восстанию, видимо, думая, что бунт сметет еще не укрепившуюся власть Петра, и народ придет молить ее вернуться на царство.
Однако, несмотря на свое, хотя и косвенное участие в заговоре, Софья не испытала новых притеснений. Ее не сослали в отдаленную обитель, не усилили охрану — теперь ее поражение было окончательным. Вскоре она добровольно приняла постриг и прожила оставшиеся годы под именем инокини Сусанны.
Ее фаворит князь Василий Голицын был отправлен в ссылку, что, скорее всего, было наказанием не только за сообщничество с Софьей, но и за крымские походы, и за позорные договоры с Западом.
Князь Борис Алексеевич Голицын, очень много сделавший для победы государя в его противостоянии с «самодержицей», к его чести не побоялся просить Петра о смягчении участи родственника. Но ему было сказано, что участь князя и так оказалась мягкой, в сравнении с теми провинностями, которые за ним числились.
Петр Алексеевич, тоже к его чести, не разгневался на просителя, и тот, без сомнения, получил бы новую высокую должность при дворе, однако на него ополчилась царица Наталья Кирилловна: ей было неприятно, что приближенным государя окажется родственник ненавистного Голицына, а тут он еще и посмел просить за Василия… В результате Бориса Алексеевича оставили в должности начальника одного из приказов.
6 октября 1689 года Москва огласилась звоном колоколов. Во главе огромного торжественного кортежа, состоявшего из бояр, стрельцов, потешных людей, государь Петр Алексеевич возвращался в свою столицу. Его встречали толпы людей. Недовольные правлением «самодержицы всея Руси», москвичи были искренне рады законному царю. При этом формально все равно оставалось два царя: Иоанн, о котором в официальных бумагах постоянно забывали иностранные дипломаты, никогда не бывал забыт Петром. На всех церковных праздниках и дворцовых церемониях его скорбный умом брат появлялся в парадном царском одеянии и по-прежнему вместе с Петром подписывал все государственные документы. Надо думать, отношения между братьями тоже оставались дружескими — Иоанн был недалеким, но добрым человеком, никому не делал зла, и никому не мешал.
