Именно к этому времени, по воспоминаниям современников, относятся первые признаки нездоровья у всегда крепкого и сильного Петра. Приступы бешенства, которых прежде не бывало, можно еще объяснить нервным напряжением, сознанием постоянной смертельной опасности, в которой находился юный царь, страшными воспоминаниями о кровавых ужасах первого стрелецкого бунта. Но обмороки и припадки вряд ли могли стать следствием одних лишь волнений и тревог. Некоторые историки высказывают мнение, что Софья могла подкупить кого-то из окружения царя, и ему в течение некоторого времени добавляли в еду или питье медленно действующий яд. Возможно ли такое? Учитывая «традиции времени» — вполне. Но прямых доказательств этому нет. Поэтому говорить о том, что «первое покушение» на жизнь будущего императора состоялось в период регентства Софьи можно, лишь поставив в конце большой знак вопроса.
Все ожидали, что повод для открытого конфликта и решительной борьбы с Софьей найдет сам Петр. А так как ситуация действительно напоминала пороховую бочку, сделать это было нетрудно.
Однако первый повод для открытого публичного скандала подала сама правительница. Случай, который произошел 8 июля 1689 года, добавляет еще несколько характерных штрихов к портрету Софьи и заставляет задуматься о ее религиозном сознании.
В этот день состоялся крестный ход, и, как принято, вслед за процессией священников двинулись с иконами два молодых государя. Софья, тоже с иконой в руках, поравнялась с ними и пошла вровень, вызвав изумление и ропот даже среди своих сторонников — по тогдашним (да и по теперешним!) понятиям это было неслыханно… Петр сперва негромко потребовал, чтобы сестра шла за ним и Иоанном. Софья словно не слыхала. Государь повторил свое требование, теперь его слышали все. Но правительница отказалась подчиниться. Щеки молодого царя залились краской, но он сдержался, не стал нарушать священную церемонию, однако в гневе развернулся и, покинув крестный ход, уехал в Коломенское.
Теперь всем стало ясно: решающее столкновение произойдет вот-вот.
Еще одним поводом для открытого размежевания стал второй «победоносный» крымский поход князя Василия Голицына. Софья составила манифест о награждении «победителей». Но утвердить его должны были оба царя. С Иоанном проблем не было. Что касается Петра, то он был отлично проинформирован о действительных «подвигах» Василия Васильевича, о громадных потерях войска, иными словами, о полном провале похода. И Петр впервые пошел на открытую, уже политическую конфронтацию. Он отказался подписать манифест. Начались уговоры и просьбы, а так как по воле именно Софьи молодой царь жил не в Кремле, а в то время в Преображенском, то выглядело все это достаточно унизительно для регентши: ежедневно она отправляла боярские посольства к Петру и даже к ненавистной Наталье Кирилловне, надеясь, что та по мягкости характера уступит и уговорит упрямца. В конце концов, Петр уступил, но уступил лишь внешне: он поставил свою подпись под манифестом, однако наотрез отказался принимать Голицына и его свиту, когда князь явился в Преображенское благодарить царя за награды.
