Поздней зимой 1942 года его полк был отозван с фронта, чтобы освоить новый тип американского истребителя «Аэрокобра». Во время тренировок Покрышкин часто расходился в мнениях с новым командиром полка Исаевым, который не принимал критики Покрышкиным советской военной авиадоктрины. Командир сфабриковал дело против Покрышкина в полевом суде, обвинив его в трусости, отсутствии субординации и неподчинении приказам. Однако высшая инстанция оправдала Покрышкина.
В 1943 году Покрышкин воевал на Кубани против прославленных немецких истребительных авиасоединений. В тех боях он сбивал от 2 до 5 самолетов противника в один день. Помимо личных побед, внес огромный вклад в теорию и практику. Его новые тактические приемы для патрулирования воздушного пространства, «скоростные качели», «кубанская этажерка» и использование наземных радаров, а также продвинутая наземная система контроля принесли советским ВВС первую большую победу над люфтваффе. По концентрации самолетов и плотности воздушных боев Кубанское сражение было самым напряженным во Второй мировой войне: за 2 месяца здесь сбили более 800 немецких самолетов.
Покрышкин получил первое звание Героя Советского Союза 24 апреля 1943 года.
А уже через четыре месяца – 24 августа – вторую Звезду Героя Советского Союза.
В боях на юге Украины Покрышкин сбил 18 «Юнкерсов».
В начале февраля 1944 года гвардии подполковник Покрышкин был вызван в Москву в отдел кадров ВВС, где его назначили начальником отдела боевой подготовки истребительной авиации. Ему удалось вырваться в действующую армию – его назначили командиром 9-й гвардейской Мариупольской авиадивизии.
Хотя Покрышкин теперь был связан запретом на участие в воздушных боях, он сбил в 1944 году 7 самолетов противника. Еще один – уже в 1945-м.
Официально Покрышкин провел более 650 боевых вылетов и 156 воздушных боев, лично сбил 59 и в группе – 6 самолетов противника.
В 1953 году получил генеральское звание и через год был назначен в Ростов-на-Дону заместителем командующего воздушной армией.
Окончив с отличием Академию Генштаба, он стал командующим 8-й отдельной армией ПВО и пробыл в этой должности 10 лет.
В начале 60-х защитил диссертацию по применению сетевого планирования в войсках ПВО. В августе 1968 года был назначен заместителем главкома ПВО страны. Затем ушел на работу в ДОСААФ, на должность председателя общества, занялся военно-патриотической работой.
В декабре 1972 года ему было присвоено звание маршала.
