Практика гностицизма была настолько же разнообразной, как и его теория. По всей видимости, были широко распространены магические ритуалы; Плотин, великий философ-неоплатоник, критикует использование амулетов в своем сочинении «Против гностиков». В ряде дошедших до нас гностических текстов описываются магические заклинания и формулы, близко схожие с теми, что встречаются в греко-египетских магических папирусах. См.Плотин.
Одни гностики ратовали за аскетизм и духовное отречение от всего материального, в частности за отказ от плотской любви, поскольку она создает новые тела, в которых томятся души. Другие утверждали, что поскольку бог обычной религии на самом деле злой, то хорошо всё, что он запрещает, и потому разрешали любые проявления сексуальности. Между ними занимали позицию те, кто запрещал любовь, ведущую к беременности, но разрешал всё остальное.
После того, как гностицизм в Римской империи был искоренен, он продолжал существовать в небольших тайных сектах Ближнего Востока. До нашего времени сохранилась по меньшей мере одна такая секта — мандеи на юге Ирака. Другая секта, богомилы, в начале эпохи Средневековья существовала на территории Болгарии, отправляя своих миссионеров на Запад, в Италию и на юг Франции. Со временем под влиянием богомилов возникло самое известное на Западе еретическое движение катаров.
Инквизиция, формально учрежденная в 1239 году как средство борьбы с катарской ересью, в ходе Крестовых походов, начавшихся в 1208 году, постепенно уничтожила всё, что было связано с катарами. После этого гностицизм на Западе упоминался исключительно в комментариях к историческим книгам, пока в XIX веке, в начале эпохи современного возрождения оккультизма, во Франции не были основаны небольшие гностические секты. Многие противники официальных толкований христианства обращались к гностицизму либо как к средству полемики, либо как к системе новой псевдохристианской духовности. Теософское общество, основной проводник идей об альтернативных духовных движениях в конце XIX — начале XX века, изображало гностиков просвещенными мистиками, которых убивали узколобые религиозные фанатики. Такой образ гностиков стал широко распространенным в оккультных кругах в период так называемого теософского столетия, с 1875 по 1975 год. Швейцарский психолог Карл Юнг (1875–1961) при построении своей теории аналитической психологии также широко опирался на известные в то время сведения о гностицизме.
