Преображенскій соборъ построенъ по образцу древневизантійскихъ храмовъ и имѣетъ въ длину шестнадцать, а въ ширину двѣнадцать саікень. Вышина его, отъ пола до купола, четырнадцать сажень. Онъ осѣненъ пятью главами, изъ коихъ средняя позолочена, а прочіе куполы усѣяны вызолоченными звѣздами по голубому полю. Внутренность собора расписана масляными красками; стѣнопись изображаетъ событія изъ земной жизни Іисуса Христа и лики святыхъ. На одномъ изъ столбовъ, поддерживающихъ своды главнаго купола, изображены во весь ростъ цари, строители храма, Михаилъ Ѳеоодоровичъ и Алексѣй Михайловичъ.
Замѣчательнѣйшая святыня Преображенскаго собора есть древній чудотворный образъ Нерукотвореннаго Спаса. Этотъ образъ, прославленный чудесами исцѣленій, перенесенъ былъ изъ Вятки въ Москву 14-го января 1647 года и встрѣченъ былъ за Яузскими воротами самимъ Алексѣемъ Михайловичемъ. Въ 1670 году святыня эта была отпущена съ полкомъ боярина воеводы князя Ю. Долгорукова противъ бунтовщика Стеньки Разина. Въ 1812 году непріятель святотатственно снялъ съ чудотворной иконы половину серебряной ризы и вѣнецъ съ драгоцѣнными каменьями. Впослѣдствіи, образъ сей украшенъ былъ серебряною позолоченою ризою съ брилліантами въ вѣнцѣ. Съ 1837 года теплится передъ нею неугасаемая лампада — даръ нынѣ царствующаго Государя.
Въ югозаподной части Преображенскаго собора находится церковь во имя Покрова Божіей Матери. Она построена въ 1673 году Алексѣемъ Михайловичемъ въ память избавленія Москвы отъ нашествія непріятеля въ 1618 году въ воспоминаніе дня кончины дѣда царя, патріарха Филарета Никитича. У восточной стѣны Покровской церкви находится богатый кіотъ, куда въ зимнее время поставляется чудотворный образъ Спаса на поклоненіе. Церковь эта теплая съ тремя придѣлами: одинъ во имя св. Димитрія митрополита, другой — во имя св. Великомученицы Варвары и третій — во имя преподобнаго Саввы Освященнаго.
Икона Знаменія Божіей Матери была родовою иконою бояръ Романовыхъ-Юрьевыхъ. Въ честь ея основана Знаменская церковь въ Новоспасскомъ монастырѣ и находилась, по преданію, надъ могилами Романовыхъ, пострадавшихъ при Годуновѣ. Но эта церковь обвѣтшала и вмѣсто ея въ 1793 году воздвигнутъ новый каменный храмъ, усердіемъ графа Николая Шереметева, надъ могилами его предковъ.
Въ сѣверозападномъ углу братскихъ келій находится церковь во имя св. Николая чудотворца, съ больничными кельями. Она построена въ 1652 году княземъ Николаемъ Черкасскимъ. Въ 1812 году внутренность этого храма пострадала отъ огня, но послѣ была возобновлена и украшена многими новыми и древними иконами въ богатыхъ ризахъ.
