Подобно другимъ монастырямъ, и Богоявленскій монастырь сначала былъ общежительный. Начальство монастыря сначала было игуменское— послѣ же имъ управляли митрополиты. При учрежденіи св. синода онъ причисленъ къ степеннымъ и занималъ 24 степень. Въ 1788 году онъ былъ мѣстопребываніемъ викарнаго епископа московской епархіи. Когда упраздненъ былъ Симоновъ перво-классный ставропигіальный монастырь, то штатъ его былъ приписанъ къ Богоявленскому. Въ 1795 году, 4-го апрѣля, Симоновъ монастырь былъ обращенъ въ прежнее положеніе, и Богоявленскій былъ причисленъ къ 2 классу, въ которомъ онъ состоитъ и до сихъ поръ.
Богоявленскій монастырь, по образцу нѣкоторыхъ древнихъ монастырей, состоитъ изъ двухъ отдѣленій, которыя имѣютъ особое назначеніе. Въ сѣверномъ, отдѣленіи прежде помѣщались монастырскіе служки, приказники, стряпчіе и школа, о которой мы уже(упомянули выше. Въ настоящее же время тамъ этого нѣтъ и комнаты отдаются въ наймы. Въ южномъ же отдѣленіи, среди настоятельскихъ и братскихъ келій, возвышается великолѣпная двухъ-эташная соборная церковь. Она замѣчательна по своей архитектурѣ. Нижняя часть храма четырехъ-угольная, а верхняя имѣетъ видъ осьмиугольника съ куполомъ, покрытая бѣлымъ желѣзомъ. Вся внѣшняя сторона этого зданія пестрѣетъ разнообразными украшеніями изъ бѣлаго камня и лекальнаго кирпича. Все зданіе, отъ поверхности земли до верха главы съ крестомъ, имѣетъ 30 саженъ. Въ верхней части зданія храма церковь во имя Богоявленія Господня; сооружена она въ 1693 году, и освящена въ 1696 году, при патріархѣ Адріанѣ. Въ нижней же части: церковь, во имя Казанскія Божія Матери, освящена въ царствованіе Іоанна и— Петра Алексѣевичей, благословеніемъ московскаго патріарха Адріана въ 1693 году.
Въ нижней церкви находятся придѣлы: Алексія митрополита., освященный въ 1696 году, и придѣлъ святаго Великомученика Георгія, построенный княгинею Еленою Алексѣевною Долгорукою въ 1747 году, гдѣ и сама она погребена. Рядомъ же съ алтаремъ Казанскія Божія. Матери построенъ былъ, въ 1794 г., княжною Маріею Александровною Долгорукою придѣлъ во имя Апостола Іакова Алфеева. Послѣ онъ обращенъ въ ризницу.
Подъ воротами съ Никольской улицы находится церковь Рождества Іоанна Предтечи, съ стариннымъ иконостасомъ и древнимъ мѣстнымъ образомъ св. Троицы греческаго письма. Внутри монастыря надъ воротами возвышается 20-саженная каменная колокольня съ 9 колоколами. Подъ колокольнею надъ входными воротами прежде былъ храмъ святыхъ мучениковъ Бориса и Глѣба, построенный въ 1739 году, но въ послѣдствіи онъ названъ въ честь Спаса Нерукотвореннаго.
