Неизвѣстно, пострадалъ ли Богоявленскій монастырь въ 1427 году оіъ моровой язвы и уцѣлѣлъ ли онъ во время осады Москвы въ 1451 году когда полчища Седи-Ахметовой орды разграбили и сожгли предмѣстья, а св. митрополитъ Іона отстоялъ Еремль. Извѣстно только то, что когда великій князь возвратился въ оставленную имъ Москву и велѣлъ строить жилища на прежнихъ мѣстахъ, то возстановленъ былъ и Богоявленскій монастырь *).
Во время пожаровъ 1545, 1547 и 1560 годовъ, опустошившихъ Москву, сгорѣла эта обитель.
Въ лѣтописяхъ Москвы извѣстно много и другихъ пожаровъ, отъ которыхъ много страдала и Богоявленская обитель. Но во время послѣдняго пожара, бывшаго въ 1812 году, при нашествіи на Москву Наполеона Бонапарта, Богоявленская обитель, осыпанная искрами и горящими головнями, чудесно сохранилась невредимою, и до нынѣ украшаетъ первопрестольную столицу.
Первоначальное состояніе этого монастыря намъ мало извѣстно, но скоро онъ началъ привлекать къ себѣ вниманіе всѣхъ:, скоро сдѣлался великокняжескимъ богомольемъ и пользовался особыми милостями отъ великихъ князей. Такъ, въ 1467 году, по просьбѣ. игумена Антонія, великій князь Іоаннъ Васильевичъ III велѣлъ давать въ Богоявленскій монастырь, съ дворца своего, на день Богоявленія, полтретьи бочки рыбы разной, игумену на 5 блюдъ, калачъ крупичатъ, да на 66 братій по калачу двадцатному и проч. Сверхъ того, по его повелѣнію, отпускался туда на всѣ годы съ дворца годовой кормъ и оброкъ, чтобы старцы молили Бога за государево здравіе и поминали всѣхъ государевыхъ родителей **). Ему же пожалованы были грамоты отъ великихъ князей и царей, (преимущеотвенно отъ царей Ивана Васильевича и Бориса Годунова), на недвижимыя имѣнія, съ угодьями и крестьянами, которыхъ числилось 1080 душъ. Кромѣ того, попеченіемъ царей и благочестіемъ народа онъ нѣсколько разъ, послѣ пожаровъ, былъ возобновляемъ, украшаемъ и 'снабжаемъ иконами, драгоцѣнными сосудами, одеждами, книгами и друг. При послѣднемъ всероссійскомъ патріархѣ Андріанѣ сооружены великолѣпный соборъ и придѣльная церковь Казанскія Божія Матери. Эта церковь построена была имъ въ воспоминаніе явленія ему. въ Казани иконы Казанскія Богоматери. Имъ же, вѣроятно, построенъ и Казанскій архіерейскій домъ, позади монастыря, въ Ветошномъ ряду. Послѣ этотъ домъ перешелъ въ частное владѣніе и въ настоящее время извѣстенъ подъ именемъ Мѣщаттовскаго подворья. Не смотря на всѣ перестройки, въ этомъ зданіи и въ настоящее время можно узнать каменную трапезу, принадлежавшую нѣкогда церкви, желѣзныя рѣшетки въ окнахъ, погреба, слѣды келій и желѣзные затворы, своды изъ крѣпостнаго кирпича
