После начала Отечественной войны 1812 г. дворянство избрало его начальником сначала петербургского, а затем и московского ополчений. После отступления русских войск из Смоленска стало очевидным, что необходим авторитетный в армии и в народе Верховный главнокомандующий. Дворянство обеих столиц и провинции поддержало кандидатуру Кутузова. Император не мог игнорировать мнение массы дворянства.
17 августа Михаил Илларионович приехал к войскам, стоявшим у местечка Царево-Займище и был встречен с ликованием. Сразу же родилась поговорка: «Приехал Кутузов бить французов». Кутузов понимал, что придется дать генеральное сражение. Он выбрал место у села Бородино в 110 км к западу от Москвы. Сражение состоялось 26 августа и имело большое значение для дальнейшего хода войны. Хотя русская армия не смогла остановить продвижение Наполеона к Москве, Наполеону не удалось не только разгромить, но даже надломить ее боевой дух. За Бородинское сражение полководец был пожалован чином генерал-фельдмаршала.
1 сентября на Военном совете в Филях Кутузов принял решение оставить Москву без нового сражения, хотя большинство генералов высказалось против этого. 2 сентября русские войска оставили Москву и стали отходить сначала по Рязанской дороге, но затем, совершив блестящий маневр, Кутузов перевел основные силы на Старую Калужскую дорогу и расположился лагерем в селе Тарутино, прикрыв пути на Тулу и Калугу – важные базы снабжения русской армии вооружением и продовольствием. 7 октября Наполеон оставил Москву и попробовал пробиться на юг, к Калуге, чтобы не отходить к Смоленску по разоренной дороге через Можайск. Но войска Кутузова в ожесточенном сражении у Малоярославца 12 октября остановили французов и заставили их отступать по разоренной Смоленской дороге. Используя тактику мелких сражений, Кутузов постоянно нападал на армию Наполеона. В результате к декабрю 1812 г. Великая армия фактически перестала существовать и была изгнана из пределов России. Михаил Илларионович получил орден Св. Георгия 1-й степени и стал первым полным георгиевским кавалером. К своему княжескому титулу он получил прибавление «Смоленский».
После изгнания Наполеона Кутузов считал войну оконченной. Но император Александр I настоял на продолжении военных действий. Кутузов должен был повиноваться императору и отдал приказ изможденным войскам перейти границу. Начался Заграничный поход.
Вскоре, в апреле 1813 г., Кутузов скончался в польском городке Бунцлау в возрасте 67 лет. Тело его было перевезено в Петербург и погребено в Казанском соборе.
