Второй этап военной кампании предполагал, что русские, английские и шведские войска высадятся в Померании и начнут наступление в направлении Ганновера и Голландии. Вторая группа русских, английских и сицилийских войск должна была высадиться в Южной Италии, чтобы овладеть частью этой страны.
Армии Наполеона грозила масштабная война на два фронта, т. к. Франция уже находилась в состоянии войны с Англией и к 27 августа планировалось начало наступления австрийской армии на соединение с русскими силами. Узнав об этом, Наполеон решил уничтожить противника по одиночке.
Войска Наполеона перехватили австрийскую армию генерала К. Макка под Ульмом и, взяв в окружение, принудили 8 октября сдаться. Армия Кутузова сосредоточилась в районе Браунау 11 октября. Изнуренная долгим переходом, она оказалась один на один с главными силами Наполеона. Кутузов начал отступление по берегу Дуная. Наполеон решил предпринять в отношении русских такой же маневр, как и в отношении австрийской армии: французы под командованием Э. Мортье захватили дунайские переправы и приготовились взять русских в клещи. Однако Кутузов предвидел такой маневр противника и форсировал Дунай значительно выше переправ. Блистательным маневром он нанес поражение захваченным врасплох войскам Э. Мортье.
К этому времени русские войска уже не могли рассчитывать на серьезную поддержку австрийцев: 1 ноября французский маршал И. Мюрат захватил Вену. После этого его армия двинулась наперерез русским войскам, чтобы отрезать им путь в Россию. Кутузов начал отходить к Оломоуцу, оставив 6-тысячный отряд под командованием П. И. Багратиона как заслон на пути продвижения армии противника. Арьергард русских войск героически сражался в бою у Шенграбена против 30-тысячного авангарда французской армии. Тем самым он предоставил основным силам необходимое время для объединения под Оломоуцем с остатками австрийских сил и армией генерала Ф. Ф. Буксгевдена (50 тыс. человек), подошедшей из России.
20 ноября 1805 г. союзные войска под давлением Александра I и вопреки советам Кутузова, дали Наполеону решающее сражение под Аустерлицем и потерпели сокрушительное поражение. Русские спешно отошли к границам Российской империи, Австрия вышла из войны, подписав с Францией сепаратный мир в Пресбурге (Братислава).
После того как англичане разгромили на море франко-испанский флот в Трафальгарской битве, все союзнические войска были отозваны со всех фронтов. Тем не менее очередная победа Наполеона и заключение франко-прусского союза заставили Александра I готовиться к продолжению войны.
