Генералу пришлось покинуть театр военных действий. Был сперва отправлен на лечение в столицу Восточной Пруссии город Кенигсберг, а затем в Мемель, где остановился на частной квартире. Сюда к нему приехала жена с приемной дочерью Каролиной. Лечение длилось долгих пятнадцать месяцев. Врачи извлекли из раны более сорока (!) обломков костей.
Император Александр I, будучи в Мемеле, в конце марта 1806 года посетил тяжело раненного генерала. Можно утверждать, что это свидание положило начало стремительному возвышению Михаила Богдановича по карьерной лестнице военного человека. Государь тогда же поручил излечение раненого придворному врачу – «медицинскому инспектору» Я.В. Виллие.
За отличие в битве при Прейсиш-Эйлау следует пожалование чином генерал-лейтенанта, что «давало виды» на будущее. Русско-прусско-французская война показала полководческие задатки Барклая-де-Толли.
Свое полководческое дарование М.Б. Барклай-де-Толли «утвердил» в сознании своих коллег по оружию и венценосца Александра I в ходе Русско-шведской войны 1808–1809 годов. В апреле 1807 года он назначается командиром 6-й пехотной дивизии, штаб которой находился в Минске. В начавшейся кампании 1808 года дивизия на первых порах оказалась в резерве. В апреле состоялось назначение командующим отдельным передовым корпусом, действовавшим на территории шведской Финляндии.
«Слава ожидала его в Финляндии» – так потом напишут о Барклае-де-Толли. Действительно, именно здесь о нем заговорили как о «состоявшемся» большом военачальнике. Его талант самостоятельного ведения военных операций показали первые бои со шведами у кирхи Йорос.
Неприятель под напором русского корпуса отступает, без боя сдав важный по местоположению город Куопио и Совалакскую область. Барклай-де-Толли закрепиться здесь не успевает. Оставив в городе небольшой гарнизон, он 8 июля с отрядом выступает на соединение с остатками 5-й дивизии генерала Н.Н. Раевского.
Но 11 июля корпусной командир получает тревожное известие: шведы в больших силах напали на гарнизон Куопио. Барклай-де-Толли с большей частью своих сил возвращается в город и 18-го числа разбивает близ него вражеский морской десант.
На этом его участие в кампании 1808 года прекращается. Тяжело заболевший генерал был вынужден уехать в Санкт-Петербург. В столице стал участвовать в заседаниях Военного совета. Выздоровев, М.Б. Барклай-де-Толли вновь отправляется в Финляндию: в феврале 1809 года следует назначение командиром так называемого «Вазского» корпуса, предназначенного к переходу через Ботнический залив на территорию Швеции. Получив назначение, он сразу же выезжает в Або, а оттуда – в Вазу.
