Очевидно, что своими корнями Смутное время уходит в эпоху Ивана Грозного, переломным моментом которой является опричнина. Опричнина вызвала раскол в правящем сословии, посеяла вражду и ненависть среди некогда единой и составлявшей главную опору власти московских государей социальной группы — «двора», включавшей боярство и наиболее значимые дворянские роды. Глубокий экономический кризис вынудил правительство Ивана Грозною и его преемника царя Федора Ивановича принять меры к запрещению «крестьянского выхода», что вызвало массовое недовольство крестьян и в дальнейшем привело к возникновению крепостного права.
Иван Грозный положил начало и еще одному кризису — династическому. В 1581 г. царь в гневе ударил своего старшего сына и наследника царевича Ивана Ивановича посохом в висок и нанес ему смертельную рану. Второй сын Грозного — Федор — из-за физической слабости и но складу своего характера был не способен полноценно нести бремя государственного управления. Младшему сыну, царевичу Дмитрию, ко времени кончины отца было всего два года. Таким образом, в роду московских государей не было личности, способной разрешить трудную задачу по выходу из кризиса, да и сама династия оказалась под угрозой прекращения.
Третьей составляющей кризисного процесса, охватившего Россию к концу правления Ивана Грозного, был кризис, который можно охарактеризовать современным термином «идеологический». Московское самодержавие, сформировавшееся во второй половине XV—первой половине XVI в., опиралось на византийское учение о божественном характере царской власти. На Руси были широко известны слова византийского писателя VI в. Лгапита: «Естеством бо земным подобен есть всякому человеку царь, властию же сана, яко Бог». Падение Византии под ударом турок в 1453 г. привело к тому, что, согласно русским представлением, роль общемирового центра православия перешла к России, а роль императора как главы всех христиан и всего тварного мира — к русскому царю.
Наиболее четко выразил эти представления видный церковный деятель и писатель преподобный Иосиф Волоцкий (1439-1515). В послании к Василию III он характеризовал власть московского государя как абсолютную и неограниченную, которая распространяется не только на светскую, но и на церковную сферу. Главные обязанности государя, за которые он несет ответ перед Богом, — соблюдение порядка в обществе, правый суд, наказание «неправды». При этом государь, будучи блюстителем чистоты веры, должен «казнить» не только за «татьбу и разбой», но и за еретичество.
