Через несколько дней в Углич прибыла следственная комиссия под началом митрополита Сарского и Подонского Геласия и боярина князя Василия Ивановича Шуйского. Опрашивая свидетелей, комиссия выявила две версии — версию Нагих об убийстве царевича и версию о несчастном случае. Очевидцы рассказывали, что царевич был подвержен недугам «падучей болезни» — эпилепсии, во время которых бился так, что его приходилось держать. Однажды во время приступа он «поколол сваею» мать, царицу Марию; в другой раз «объел руки Ондреевой дочке Нагово», и «как на него болезнь придет и царевича как станут держать, и он в те поры ест в нецывенье за что понадетца». Такой же приступ случился с царевичем и 15 мая — «и пришла на него болезнь черной недуг, и его бросило о землю, а у него был ножик в руках, и он тем ножиком сам покололся». Наиболее убедительны показания, которые дала Арина Тучкова, кормилица царевича: «Ходил царевич Дмитрий в субботу по двору, играл с жильцы[2]ножиком, и она того не уберегла, как пришла на царевича болезнь черная, а у него в те поры был нож в руках, и он ножом покололся, и она царевича взяла к себе на руки, и у нее царевича на руках не стало».
Опираясь на показания подавляющего большинства свидетелей, комиссия пришла к выводу, что царевичу «смерть прилучилась Божиим судом», и во время падучей он «самозаклался». Нагих обвинили в подстрекательстве к бунту и убийствам; угличан выслали в Сибирь, где населили ими целый город — Пелым. Однако официальное заключение следственной комиссии не успокоило взбудораженные умы. Обвинение Годунова в организации убийства широко распространилось в народе, и уже никакие меры правителя спасти свою репутацию не имели успеха. И руководство войсками, собранными для отражения нашествия крымского хана, и щедрая раздача милостыни пострадавшим во время московских пожаров — все это трактовалось в худшую для Годунова сторону: говорили, что он сам и призвал на Русь крымского хана, он же поджег Москву с тем, «чтобы одна беда перебила другую, и каждый больше скорбел бы о собственном несчастье, нежели о смерти царевича».
Историки детально обсуждали причастность Годунова к смерти царевича, и разделились на сторонников вины и невиновности правителя[3]. Важной вехой в этих исследованиях стало тщательное палеографическое изучение «обыскного» (следственного) дела о смерти царевича Дмитрия и мятеже в Угличе, проведенное в 1970-е гг. под руководством Л.П. Богданова. Список этого документа дошел до нас в неполном виде, часть листов были утрачены, другие поменяли местами архивисты XVII—XVIII вв. Восстановить первоначальный вид документа, установить порядок и особенности делопроизводства, время и место его создания были главными задачами исследования. В результате А.П. Богданов пришел к выводу о фальсификации результатов следствия; главной целью комиссии было доказать версию о несчастном случае и об измене Нагих. Этот вывод был сделан на основании как внешней, так и внутренней критики источника. Богданов установил, что список дела, представленный на рассмотрение Освященного собора, отличался от первоначального черновика. Окончательный документ переписывали в Москве. При этом, уже в Угличе, как считает исследователь, комиссия применяла к свидетелям сильное давление, навязывая им свою версию случившегося, о чем свидетельствуют трафаретные, повторяющиеся формулировки описания смерти царевича. Так же комиссия навязала допрашиваемым свою версию мятежа в Угличе, обвинив в нем Нагих. Спорить с аргументацией специалиста-палеографа трудно. Однако представляется, что и Богданов в данном случае пристрастен. Ведь в деле есть показания прямых очевидцев смерти царевича (в том числе и кормилицы Тучковой, о которой говорилось выше). Получается, что они солгали перед владыкой Геласием, присутствие которого должно было напомнить им о Божием суде?
