Через месяц, 9 ноября, появился новый указ, определявший основные принципы аграрной реформы. Он стал основой принятого позднее Думой закона, по которому община могла быть распущена по желанию большинства входящих в нее крестьян.
Принимая эти указы, Столыпин полагал, что появление независимых и грамотных собственников-фермеров будет способствовать развитию внутреннего рынка и росту промышленности. Теоретически это было верно, но проект столыпинской реформы не учитывал того, что в вихре первой русской революции и крестьянских бунтов идея частной собственности на землю и роспуска общины была дискредитирована. За годы революционного подъема община во многих местах стала настоящим органом крестьянского самоуправления. Вторая Государственная дума, начавшая свою работу 20 февраля 1907 года, оказалась еще более радикальной, чем первая, и не в последнюю очередь потому, что авторы «Выборгского воззвания», среди которых было много известных либеральных политиков, были лишены права участвовать в выборах. Впрочем, депутаты хотели работать и старались избегать конфликтов.
На этот раз правительство Думу не игнорировало. 6 марта 1907 года Столыпин представил депутатам целую программу либеральных реформ, при этом конечной целью декларировалось построение правового государства. Депутаты встретили речь холодно. Социалисты в принципе были против либеральных реформ, а либералов не устраивало, что правительство в борьбе с революцией готово выйти за пределы правовых норм. В итоге программу Столыпина поддержали лишь монархисты, но не потому, что стояли за правовое государство, а потому, что это была программа правительства его императорского величества, решительно боровшегося с революцией.
Правительство начало беспощадную войну с террористами. Власти предложили Думе осудить террор, но депутаты отказались и вместо этого приняли резолюцию о незаконных действиях полиции. Тогда Столыпин потребовал от Думы исключить 55 депутатов социал-демократической фракции, обвинив их в заговоре против царской семьи. Николай II не стал дожидаться, пока II Дума вынесет решение, и 3 июня ее распустил. В тот же день было опубликовано новое положение о выборах в Думу, не имеющее ничего общего с гарантиями, которые давал российским подданным манифест от 17 октября. Теперь голос одного помещика приравнивался к голосам 7 горожан, 30 крестьян и 60 рабочих.
Несомненно, что подлинной причиной роспуска Думы стал ее отказ сотрудничать с правительством. Фактически Столыпин, при молчаливом согласии императора и членов правительства, изменил государственный строй России. Новый избирательный закон, на первый взгляд означавший возвращение к самодержавию, по сути был направлен на то, чтобы сделать основой конституционного строя России земство. Это соответствовало идеям, господствовавшим в 1860—1870-е годы и всё еще популярным в российской провинции. Закон должен был обеспечить ведущую роль в Думе представителям земского самоуправления. К началу XX века былой демократический дух покинул земских деятелей, поэтому Столыпин не сомневался, что они станут сотрудничать с правительством.
