Именно защитой острова от англичан Бирюлев пытался объяснить свои действия японцам. Однако местные жители восприняли их как намерение отобрать у них землю и оказали сопротивление. В начавшихся стычках один крестьянин был убит, двое пленены. Получив сообщение об инциденте, по поручению правительства губернатор Хакодатэ передал российскому консулу И.А. Гошкевичу требование «принять надлежащие меры с тем, чтобы немедленно удалить русский военный корабль из Цусимы». При посредничестве консула командующий дальневосточной флотилией И.Ф. Лихачев отдал приказ Бирюлеву покинуть Цусиму. Желая уладить инцидент, МИД России в направленном в Эдо разъяснении ответственность за происшедшее возложил на Лихачева и Бирюлева. Хотя инцидент нанес определенный урон российско-японским отношениям, объективно Япония оказалась в выигрыше. Увидев, что русские не будут терпеть превращения Цусимы в стратегически важную военно-морскую базу Великобритании, англичане отложили свои планы захвата острова.
В 1868 г. борьба за власть в Японии достигла своего апогея. Власть сегуна слабела на глазах. В конце концов, сёгун Ёсинобу вынужден был передать ее молодому императору Муцухито (Мэйдзи). Выступившие против императора войска бывшего сегуна продолжали сопротивление, но в конце января в битвах близ Киото были разбиты. Власть окончательно перешла к императору и его сторонникам. Наступила эпоха, которую назвали «реставрацией Мэйдзи» (Мэйдзи исин). В историографии принято считать «реставрацию Мэйдзи» своеобразной незавершенной буржуазной революцией.
Новое правительство было озабочено в основном внутриполитическими проблемами. Однако жизнь заставляла уделять внимание и налаживанию связей с внешним миром. В первую очередь предстояло определиться в отношении соседних государств. В этот период явственно проявилась взаимозависимость внутренней и внешней политики. Новое правительство было весьма озабочено трудоустройством разорившегося и потерявшего жизненную перспективу класса самураев. Среди членов правительства родилась идея сформировать из безработных самураев армию и направить ее на завоевание Кореи. При этом сторонники этой идеи рассматривали включение завоеванной Кореи в состав Японии как важное средство укрепления мощи и влияния страны в будущем противоборстве с мировыми державами, в том числе с Россией. Не исключалась и возможность завоевания Сибири. Член правительства известный военачальник периода гражданской войны Сайго Такамори считал военный поход в русскую Сибирь вероятным и даже разрабатывал соответствующие планы. Его ближайший соратник генерал-майор Кирино Тосиаки самоуверенно заявлял, что «в военном отношении Россия не представляет собой чего-либо серьезного. С одним батальоном можно дойти до Петербурга»
