Следует отметить, что заключенные правительством бакуфу договоры об «открытии» Японии стали одним из поводов для гражданской войны. Консервативно настроенные слои населения выступили против заключения неравноправных договоров с американцами и европейцами и развернули движение за свержение сегуна и изгнание иностранцев из страны. С этими призывами они апеллировали к императору. Под давлением оппозиционных сил император вынужден был издать в 1863 г. указ об изгнании иностранцев. Как бы во исполнение этого указа по личной инициативе властитель княжества Тёсю отдал приказ обстрелять американское торговое судно в Симоносэкском проливе. Американцы тут же ответили, обрушив на форты Симоносэки шквальный огонь из пушек своих военных кораблей. Опасаясь расширения движения против иностранцев, объединенная эскадра английских, французских, голландских и американских военных кораблей в сентябре 1864 г. в качестве меры устрашения вновь предприняла обстрел Симоносэки, произведя значительные разрушения. Однако это не устрашило противников «открытия» страны. Воинственные феодалы и деклассированные самураи-ронины княжеств Сацума и Тёсю продолжали борьбу против политики сегуна и его окружения.
Хотя борьба за власть в стране отвлекала японское правительство от дипломатических проблем, попытки разрешения вопроса о принадлежности Сахалина продолжались. Эдо беспокоили сообщения о том, что на остров прибывает все больше русских, которые строят жилища и разрабатывают каменноугольные месторождения в южной части Сахалина. В июле 1862 г. в Петербург после посещения ряда европейских государств прибыла японская миссия во главе с С.Такэноути, которой было поручено продолжить переговоры о разделе Сахалина по 50-й параллели. В случае отказа российского правительства заключить соглашение на таких условиях предусматривалось предложить вариант аренды Японией южной половины острова. Японская дипломатическая миссия была принята императором Александром II, а также министром иностранных дел A.M. Горчаковым. Российскую делегацию возглавлял директор Азиатского департамента МИДа Н.П. Игнатьев. Шесть раундов переговоров результатов не дали — японцы упорно стояли на своём. Хотя стороны договорились продолжить обсуждение проблемы на местном уровне, а именно с командующим русской эскадры на Тихом океане П.В. Казакевичем, правительство бакуфу уклонилось от выполнения этой договоренности.
Тем временем продолжалось военное строительство на Сахалине — из донесений японских агентов следовало, что русские сооружают на острове форты, оснащая их пушками и другим вооружением. Опасаясь полной утраты позиций Японии на Сахалине, губернатор Хакодатэ рекомендовал Эдо несколько отойти от занятой позиции и попытаться убедить царское правительство пойти на компромисс, а именно — на раздел острова не по 50-й, а по 48-й параллели.
