Вышеупомянутая Александровская стипендия дала возможность поступить в Московский университет. Институтское начальство (особенно инспектор Г. И. Кананов) сильно уговаривало его поступить на историко-филологический факультет. Но так как на классицизме 60-х гг. лежала явственная печать ретроградства и обскурантизма, то Джаншиев решительно отказался последовать совету начальства и поступил на медицинский факультет. Избрание медицинского факультета обусловливалось влиянием тогдашней журналистики (особенно «Дела») и беллетристики (романы Михайлова – «Жизнь Шупова» и др.). Среди учащейся молодежи того времени считалось за аксиому, что естественные науки одни достойны внимания серьезного и мыслящего человека, и медицинская карьера одна только прилична для «честного» человека, не эксплуататора.
На медицинском факультете Джаншиев пробыл три недели. После первого же знакомства с анатомическим театром Джаншиев почувствовал к «медицине» такое неодолимое отвращение, что должен был ее бросить. Но куда поступить? На филологический факультет нельзя было поступить по указанной выше причине. К математике он не имел влечения. Оставался юридический факультет. Туда, скрепя сердце, и поступил Джаншиев, браня себя внутренне за измену гуманно-либеральному знамени.
Московский юридический факультет 70-х гг. наполовину состоял из спившихся или выдохшихся инвалидов. Среди профессоров особенно выделялся В. И. Сергеевич, книга коего «Задача и методы государственных наук», впервые познакомив с позитивизмом, оставила на «невольном» юристе глубокий след и внушила уважение к юридическим наукам. Под руководством того же профессора, он ознакомился с Миллем и написал свой первый юридический этюд «О возникновении представительного правительства». На 3-м курсе Джаншиев заинтересовался философиею и психологиею и окончательно переменил свой неблагоприятный взгляд на юридический факультет. Свой философский этюд (о врожденных идеях по Лейбницу и Локку) он должен был поднести не официальному преподавателю психологии Юркевичу (завзятому метафизику), а Легонину, читавшему судебную медицину и в связи с нею небольшой курс судебной психологии. Джаншиев окончил курс вторым кандидатом в 1874 г. Единственная четверка была по предмету известного ненавистника «черных» (т. е. кавказцев вообще и армян в особенности) Н. И. Крылова. Впрочем, его армянофобия не помешала Джаншиеву впоследствии с ним сблизиться и даже подружиться.
