Do 335M13 облетали 31 октября 1944 года. На самолете стояли двигатели DB 603E-1 (передний) и DB 603QE-1 (задний). Do 335M14 закончили в декабре 1944 года, после чего аэродром Менген был занят французами.
Программа Do 335B-2 сильно задержалась. Серийный выпуск этих самолетов первоначально планировалось начать на фирме Heinkel в Ораниенбурге в июне 1944 года, но в итоге дату перенесли на февраль 1945 года. Неизвестно, был ли вообще построен хоть один Do 335B-2, или хотя бы велись какие-то приготовления в этом направлении.
На прототипе Do 335M13 испытали новые оконцовки крыльев, увеличивающие размах до 13,84 м. На правом крыле самолета установили кинокамеру в аэродинамическом обтекателе.
Развитием Do 335B-2 должен был стать Do 335B-3. На этот самолет планировалось установить двигатели DB 603LA с двухступенчатым наддувом. Двигатель DB 603LA представлял собой двигатель DB 603L, дополнительно оборудованный устройством MW-50. Двигатель оптимизировали для большой высоты. Стартовая мощность DB 603L составляла 1820 л.с./1339 кВт, а боевая 1675 л.с./1232 кВт. Модификация LA развивала стартовую мощность 2000 Л.С./1472 кВт и боевую 1510 л.с./1111 кВт. Как видно, двигатель был значительно мощнее, чем применявшиеся прежде моторы серий А и Е. Однако форсированные моторы еще не производились серийно, а работы по их доводке задерживались. В мае 1944 года Дорнье начал требовать от Daimler-Benz хотя бы два таких мотора, которые можно было бы поставить на прототип Do 335B-3. Срок поставки моторов определили на июнь 1944 года, но даже осенью ни одного мотора получить не удалось.
В качестве прототипов Do 335B-3 использовались машины Do 335M18 (W.Nr. 240314), М19 (W.Nr. 240315) и М20 (240316). Все три перечисленных самолета находились в Оберпфаффенхофене на разных стадиях сборки. В таком виде они и попали в руки американцев.
Истребительные части, занимавшиеся перехватом союзнических бомбардировщиков, очень надеялись на новые истребители. При своих габаритах и массе они представляли собой идеальную платформу для тяжелого вооружения. Однако даже три 30-мм и две 20-мм пушки не представляли для самолета предела. Самолет мог нести еще более тяжелое вооружение. Вместо пушки МК 103, расположенной в развале блока цилиндров, предполагалось поставить 55-мм пушку МК 112, имевшую массу 272 кг и скорострельность 300 выстрелов в секунду. До конца войны успели собрать только десять прототипов 55-мм пушки, и ни один из них не был установлен на «Стреле». Можно только представлять каков был бы эффект от попадания хотя бы одного снаряда в бомбардировщик противника.
