12 октября 1944 года на RP+UG (на киле 117) летал в Рехлине обер-лейтенант Иоахим Айзерманн. Самолет W.Nr. 240161 (на киле 1/3). Возможно, это был образец (Muster), в таком случае на киле должно было быть написано МЗ. Самолет этот вместе с А-02 отправили в США, где ему присвоили номер FE-1012. W.Nr. 240162 (2/1 на киле) был захвачен в Оберпфаффенхо-фене в небоеспособном состоянии. Рядом стоял W.Nr. 240163 (М7). О двух машинах — W.Nr. 240164 и W.Nr. 240165 — ничего не известно, кроме того, что их собрали во Фридрихсхафене. У одного частного коллекционера в США есть регистрационная табличка с этого самолета. О машинах RP+UE (115), RP+UF (116) и RP+UH (118) не известно ничего.
Упоминавшиеся выше обозначения «М» (Muster) ввели в конце 1944 года вместо традиционного обозначения «V» (Versuch) для прототипов. Первоначальна, эта система использовалась для австрийских машин. На новую систему перешли далеко не все фирмы, а ее введение объяснялось исключительно психологическими соображениями. Слово Muster (модель) отличалось от Versuch (прототип) той коннотацией, что создавало впечатление уже готовой машины. Уже имевшиеся обозначения VI, V2 и т. п. часто закрывали новыми надписями Ml, M2… В случае Do 335 обозначения с буквой М ввели только с четвертого прототипа. Последней переименованной машиной стал Do 335V10/M10. Последующие прототипы от Mil до М23 уже изначально назывались по-новому.
Следующей модификацией, предназначенной к серийному выпуску, была Do 335A-2. Это должен был быть бомбардировщик (Kampfflugzeug), оснащенный двигателями DB 603G с большой степенью сжатия в цилиндрах и стартовой мощностью 1900 Л.С./1396 кВт и 1560 л.с./1146 кВт на высоте 7500 м. Для мотора требовался бензин С3 с октановым числом 100. Бортовое вооружение было таким же, что и на предыдущих модификациях (2xMG 151 и 1хМК 103), но бомбовая нагрузка на внутренней подвеске достигала 1000 кг. Очевидно, ни одного экземпляра А-2 не удалось построить. Аналогичная судьба ждала и Do 335A-3 — тяжелый истребитель (Zerstoerer). A-3 должен был дополнительно оснащаться устройствами форсирования двигателя GM-1 и MW-1. Система GM-1 производила впрыск закиси азота, что позволяло поднять потолок, а система MW-1 впрыскивала воднометанольную смесь, кратковременно форсируя мощность двигателя на низких высотах.
Do 335А-4 должен был стать разведывательным самолетом, концепцию которого разработали еще на прототипе Do 335V3. Инициатором этого проекта стал генерал-майор Карл-Хенниг фон Барзевиш — командующий разведывательной авиацией, который весной 1944 года решил использовать Do 335 в качестве разведчика, оборудованного фотокамерами. «Pfeil» идеально подходил для этой роли — большая скорость спасала самолет от истребителей противника, а большой радиус действия позволял проводить глубокую разведку. Фон Барзевиш предполагал использовать эти самолеты для разведывательных полетов над Великобританией. По его плану прототип Do 335V1 должен был сфотографировать английский флот в Скапа-Флоу, a Do 335V3 провести разведку над Лондоном.
